По самой распространённой версии на месте нынешних "Чистых прудов" находились "Поганые болота". Название пошло от того, что ещё в 17 веке на улице Мясницкой были торговые мясные лавки, мясники которых сбрасывали отходы своего промысла в воды пруда. Во времена Петра Первого эти пруды, вместе с окружавшей их землёй, были куплены Александром Меньшиковым. Он приказал пруды очистить, а вокруг посадить деревья и кустарники. С тех пор эти пруды стали называться "Чистыми".