Эту фразу, вероятно, в той или иной вариации слышали все или почти все, и некоторые даже знают, откуда она пошла.
Каноническая версия такова: когда в 1209 году, в самом начале Альбигойского крестового похода, крестоносцы осадили город Безье, жителям-католикам было предложено сдать катаров или просто уйти из города, чтобы не попасть под раздачу. Безьерские католики решили, что земляков сдавать и бросать в беде не след, и остались, за исключением епископа Рено и еще нескольких человек - те предпочли срочно эвакуироваться, пока дают. Крестоносцы пришли к папскому легату Арно-Амори, аббату цистерцианского монастыря Сито, и спросили, что делать-то. Арно-Амори ответил вышеприведенной фразой.
Если копнуть поглубже, то окажется, что местные хронисты-современники ничего такого не упоминали - а те, которые описывали Альбигойский крестовый поход, были прилежными товарищами, не все события средневековой истории задокументированы с такой точностью, до дат, и детализацией.
Но, кроме местных хронистов, был еще Цезарий Гейстербахский, уроженец Кёльна и приор опять-таки цистерцианского монастыря близ Кёльна же. Этот Цезарий был весьма талантливым автором, и главный его труд - сборник нравоучительных историй (всего их в сборнике 746) Dialogus magnus visionum ac miraculorum, написанный в 1219-1223 годах; он написан в форме диалогов монаха и новиция. Вот там-то, рассказывая о взятии Безье, Цезарий пишет буквально следующее: "<...> легат, как говорят, ответил: "Caedite eos. Novit enim Dominus qui sunt eius". Заметим, он не пишет прямо, что Арно-Амори так сказал, он пишет "как говорят"; но это мелочи, конечно.
"Диалоги о чудесах" были настоящим бестселлером, больше них читали и переписывали только "Золотую легенду" Иакова Ворагинского, так что неудивительно, что "Убивайте всех" стало историческим мемом (самый удивительный пример использования - американской армией во время Вьетнамской войны).
Страница "Диалогов о чудесах", манускрипт начала XIV века; в левом верхнем углу - собственно, Цезарий у ног святого Бенедикта
Уточняя про Цезария, авторы частенько пишут что-то вроде "ну ладно, может, Арно-Амори такого и не говорил, но точно подумал, и вообще, это было в духе крестоносцев в Лангедоке". Но вообще нет, массовая резня в Безье (а также массовая резня в Марманде в ходе того же Альбигойского крестового похода десятью годами позже) - это исключение, потому и запоминающееся.