30 декабря 2016 года "Уфа" объявила о назначении главного тренера им стал С. Семак, контракт был подписан на 1,5 года. Нынешний сезон команда Семака завершила на 6 месте в таблице РФПЛ, это стало наивысшим достижением "Уфы" в истории. Теперь команда квалифицируется в Лигу Европы. 29 мая 2018 года клуб объявил о досрочном расторжении контракта по согласию Семака с "Уфой". В тот же день 29 мая 2018 года был подписан контракт с "Зенитом". Контракт подписан сроком на 2 года с возможным продлением ещё на 1 год. Напомним то что Семак уже был помощником главного тренера в "Зените" . По окончанию сезона 2012/13 Сергей продолжил карьеру в "Зените", но уже в качестве помощника Л. Спалетти. Контракт был рассчитан на 3 года. В 2014 году был назначен исполняющим обязанности главного тренера "Зенита", после увольнения Л. Спалетти. Под руководством С. Семака команда сыграла 2 матча - в 21 туре чемпионата России, где "Зенит" уступил 0-1, а вторую игру команда выиграла в ответном матче Лиги чемпионов