Суть этого геноцида заключалась в действиях временного правительства, пришедшего к власти в результате военного переворота 6—7 апреля 1994 года, и состоящего из представителей этнического большинства страны — народности хуту, управляемой временным правительством армии и отрядов ополчения «интерахамве» и «импузамугамби». Они выступали против представителей этнического меньшинства страны — народности тутси, придерживавшихся умеренных политических взглядов, направленные на полное уничтожение конкурента; а также, возможно, ответные действия военно-политической организации Руандийский патриотический фронт (РПФ), направленные на уничтожение хуту, организовывавших и непосредственно исполнявших убийства тутси.
Число убитых за 100 дней составило по разным данным от 500 000 до 1 030 000 человек, из них примерно 10 % составили хуту. Со стороны тутси убийства осуществлялись РПФ и, вероятно, военизированными формированиями тутси. Скорость убийств в Руанде в пять раз превышала скорость убийств в немецких лагерях смерти в годы Второй мировой войны.
Политическое противостояние между двумя народами уходит своими корнями в далекое прошлое. К юго-западу от озера Виктория на протяжении нескольких столетий проживают три субэтнические группы, численность которых во второй половине ХХ века в процентном соотношении была примерно следующей: хуту, земледельцы, — около 85% населения, тутси, скотоводы, — 14% и пигмеи (тва), — около 1%. Все говорят на одном языке (ньяруанда), но имеют расовые различия, сглаженные многолетней ассимиляцией. Здесь расположены два государства — Руанда и Бурунди. На начало 1994 года население первой составляло 8,4 млн человек.
До колониальной эпохи тутси обычно занимали более высокое положение в социальной иерархии, а хуту — более низкое. Однако существовали и возможности изменения социального статуса: хуту, который приобрел много скота или другого имущества, мог ассимилироваться с группой тутси, а к обедневшему тутси относились как к хуту. Веками правящая верхушка состояла из тутси, в колониальные времена им было легче получить образование и, следовательно, занять место в административном аппарате. Германия и (после Первой мировой войны) Бельгия вовлекали в управление страной исключительно тутси. Это привело к тому, что постепенно в сознании хуту сложилось убеждение, что тутси — угнетатели и враги.
В конце 1950−х годов в ходе процесса деколонизации напряженность в Руанде возросла. Политическое движение хуту, которое выступало за передачу власти большинству, набирало силу, в то время как часть обладавших властью тутси противились демократизации и утрате своих привилегий. В ноябре 1959 года вспыхнуло восстание, во время которого сотни тутси были убиты и тысячи — вынуждены бежать в соседние страны. В 1962 году впервые были проведены выборы президента независимой Руанды. Поскольку хуту было в несколько раз больше, чем тутси, подавляющая часть населения страны отдала свои голоса представителю хуту. Хуту, впервые в своей истории заняв ведущее положение в стране, стали преследовать тутси.
О том, что геноцид против тутси готовился заранее, свидетельствуют ставшие известными позднее многочисленные сведения. Еще в начале января 1994 года руководство ООН получало от канадского генерала Ромео Даллера, командовавшего миротворческими силами в Руанде, сообщения о готовящейся этнической чистке. Генерал встречался с информатором, сообщившим ему места расположения складов с оружием, предназначенным для этой акции, и просил разрешить ему взять под контроль эти пункты, однако из Нью-Йорка последовал отказ с пояснением, что подобные действия выходят за рамки мандата миссии. Бывший премьер-министр Руанды Жан Камбанда в своих показаниях Международному уголовному трибуналу заявил, что геноцид открыто обсуждался на заседаниях кабинета и что «одна из министров сказала, что лично она не против избавиться ото всех тутси; без них все проблемы Руанды закончатся».
6 апреля 1994 года на подлете к Кигали зенитной ракетой французского производства неизвестные сбили самолет, на борту которого находились президенты Руанды и Бурунди Хабьяримана и Нтарьямира. Они возвращались с очередной встречи в Аруше, где главы делегаций государств региона убедили президента Руанды согласиться встретиться с руководителями РПФ для обсуждения вопросов разделения власти и включения в состав нового правительства страны представителей тутси. По разным версиям, теракт был совершен или радикальными хуту, которые опасались, что Хабьяримана собирается пойти на уступки тутси, или же партизанами тутси, которые были недовольны тем, что президент медлил с выполнением Арушских соглашений. Как бы там ни было, событие это стало, по мнению большинства исследователей, катализатором начавшегося вскоре геноцида.
В считанные часы после гибели Хабьяриманы все дороги в Кигали перекрываются, на них организовываются посты, где начинают выявлять тутси. Считается, что массовые убийства людей начались в тот же день. 7 апреля телерадиостанция Libres Des Mille Collines выпустила в эфир программу, в которой ответственность за крушение самолета возлагалась на РПФ и военнослужащих ООН, а также содержались призывы уничтожить «тараканов тутси». В тот же день премьер-министр Агата Увилингийимана была зверски убита вместе с десятью охранявшими ее бельгийскими миротворцами: солдаты правительственных войск напали на ее дом. После смерти президента и премьер-министра кабинет распался. 8 апреля было объявлено о создании временного правительства и назначении временно исполняющим обязанности президента хуту-экстремиста Теодора Синдикубвабо.
Сначала гнев был направлен против оппозиционных лидеров из числа умеренных хуту, активистов по правам человека, журналистов и других критиков существовавшего в стране режима, но потом переключились почти исключительно на тутси. Гвардейцы президента в количестве 600 человек начали убивать всех подряд тутси, которые попадались им под руку на улице, и тех, кого удавалось найти, врываясь в жилые дома, школы, офисы, магазины. К ним присоединились армейские части и отряды интерахамве. Не щадили никого, от младенцев до немощных стариков, при этом убийства производились самыми варварскими способами.
Впоследствии было подсчитано, что пик убийства тутси пришелся на первые две недели, до 21 апреля, когда погибли 250 тыс. человек. Радиостанции страны играли координационную роль для многочисленных отрядов хуту, передавая, например, информацию о местах, где пытаются укрыться тутси. Одновременно было обещано отдать земли убитых тутси тем хуту, кто их уничтожит.
Некоторым тутси удалось спастись, найдя убежище в контролируемых отрядами миротворческого контингента ООН пунктах, однако в большинстве случаев последние не вмешивались в происходящее, не решаясь нарушить условия наблюдательского мандата. Более того, их возможности были резко ограничены, когда после гибели своих миротворцев Бельгия вывела все войска, а затем с просьбой о выводе контингентов обратились и другие страны. 21 апреля Совет Безопасности ООН единогласно постановил отозвать миротворческий контингент из Руанды, численность сил МООНПР сократилась с 2,165 тыс. до 270 человек (остались солдаты из Канады, Ганы и Нидерландов). С уходом бельгийских миротворцев связан печальный эпизод, произошедший в одной из школ Кигали, которую они охраняли. Там прятались 2 тыс. спасшихся от резни тутси, но, после того как бельгийцы получили приказ оставить здание школы, брошенные на произвол судьбы люди были убиты руандийскими военными.
Нередко люди погибали от рук своих же соседей или даже родственников. Тем, кто отказывался убивать, часто угрожали, тем, что убьют их самих. Многие прятались в церквях или школах, но это редко спасало. Так, более 1,5 тыс. тутси нашли убежище в католической церкви в Ньянге. Местные отряды интерахамве, действуя сообща со священником и властями, использовали бульдозеры, чтобы разрушить здание церкви. Тех же, кто пытался бежать оттуда, разрубали при помощи мачете. Тела убитых в основном сбрасывали в реку Кагера, которая со скоростью 72 трупа в час выносила их прямо в озеро Виктория, но уже на угандийском берегу. Наличие большого количества трупов в воде грозило серьезной вспышкой инфекционных заболеваний в Уганде. Лишь после того, как были зарегистрированы первые смертельные случаи заболевания людей, потенциальный очаг эпидемии был блокирован и уничтожен.
В контексте всех этих событий резолюция Совбеза ООН от 21 апреля 1994 года показывает, что ее члены еще не представляли реальную картину происходивших событий в Руанде. И сотрудники ООН, и представители американского Госдепартамента продолжали старательно избегать использования термина «геноцид» в своих выступлениях, поскольку иначе, по Договору о геноциде, принятому в 1948 году, ООН и, соответственно, США, должны были вмешаться в ситуацию. Более того, 3 мая Билл Клинтон издал президентскую директиву, ограничивающую участие американских военных в миротворческих миссиях ООН.
Однако, судя по рассекреченным в 2001 году документам, США знали о начинающемся геноциде в Руанде — и все же настояли на выводе миротворческих сил ООН с территории страны. Через пять дней после начала массовых убийств сотрудник Пентагона написал докладную записку замминистру обороны США Фрэнку Виснеру. В ней говорилось, что, «если стороны не вернутся за стол переговоров, погибнут сотни тысяч человек, а конфликт может перекинуться на Бурунди». 14 апреля 1994 года Государственный департамент США призвал ООН вывести через неделю миротворцев из страны, заявив, что «в Руанде нет никакой необходимости их дальнейшего присутствия», после чего и была принята резолюция Совбеза о выводе войск из Руанды. В то время американские военные еще отходили от провальной кампании в Сомали. Как считают обозреватели, Вашингтон не хотел вмешиваться в еще один африканский конфликт.
К началу июня 1994 года повстанцы из РПФ контролировали около 60% территории страны, преимущественно в северной ее части, и рвались к столице. Деморализованная руандийская армия стала покидать город. 7 июля отряды РПФ взяли Кигали.
Большинство участников геноцида бежали в Заир, а вместе с ними — примерно 1,4 млн мирных жителей хуту, которым внушили, что они будут уничтожены РПФ. Тысячи людей умерли от инфекционных болезней, таких как холера и дизентерия. Лагеря беженцев использовались солдатами армии бывшего руандийского правительства для перевооружения и организации вторжений в Руанду. Это послужило одной из причин, приведших в 1996 году к войне в Заире и вмешательству в нее Руанды.