Меня тут коллега спросил, не помню ли я как это делается. Я в принципе помню, но точный синтаксис все время забываю.
Делается это так:
Папка
rd /s "\\?\C:\full-path.."
Файл
del "\\?\C:\full-path.txt "
Сначала идет \\?\, а затем полный путь к файлу или папке, включая точки или пробелы в конце. Синтаксис \\?\ используется для так называемого пути с расширенной длиной, который может достигать 32767 символов.
Подробнее: http://bit.ly/2JXlFUY
Статья KB на память https://support.microsoft.com/help/320081/
Есть еще один способ - добавить файл или папку в архив 7-Zip или WinRAR с опций "Удалить файлы после сжатия". Очевидно, архиваторы используют Windows API с длинными путями для работы с файлами и папками.