В период с 1513 по 1520 Никколо Макиавелли написал подавляющее количество своих трудов, наиболее известными из которых является "Государь" (опубликован лишь в 1532 году, через пять лет после смерти Макиавелли), в котором подробно описываются методология захвата власти, методы правления и умения, необходимые для идеального правителя. Первоначально книга носила название De Principatibus (О княжествах). Книга являлась фундаментальным трудом своего времени по систематизации сведений о государстве и управлении им.
"Государь" гласит что по форме правления государства (Stati) делятся на республики (Repubbliche) и монархии (Principati). Макиавелли описывает три формы прихода к власти: сила оружия (armi, forza или violenza), удача (fortuna, фортуна) или добродетель (virtù). Поскольку удача не во власти человека, Макиавелли останавливает своё внимание на силе оружия и добродетели, отмечая, что одно дополняет другое. "Вооружённые проповедники побеждают" (Profeti armati vinsono), пишет он. Макиавелли подчёркивает, что государь иногда должен уподобляться животным (bestia), из которых он выделяет лису (volpe) и льва (lione). Лишение власти происходит вследствие лишения внешней силы (forza) или народного презрения (disprezzato), если государь обнаруживает явные пороки или нарушает "образ жизни" той страны, которой правит.
Из добродетелей Макиавелли вслед за Аристотелем особо выделяет щедрость (liberalita — состоятельность как качество свободного человека). Далее следует милосердие(clemenzia), хотя для государя она приобретает особый смысл, поскольку допускает жестокость для предотвращения беспорядков. Также Макиавелли среди добродетелей перечисляет благоразумие (prudenza) и гуманность (umanita). Добродетель он ценит как репутацию (riputazione), которая позволяет избежать ненависти и презрения за постыдные поступки.
Единство страны образуют язык (lingua), нравы (costumi) и обычаи (ordini). Хотя Макиавелли обращал внимание, что la natura de’ popoli è varia — природа народа непостоянна (гл.VI). При описании внутренней структуры общества Макиавелли разделяет народ (popolo) и грандов (grandi). Мудрый государь (Principe prudente) правит, балансируя между теми и другими. Макиавелли высоко ценит французский парламент (Parlamento), поскольку он позволяет следить за амбициозными оппонентами внутри страны и контролировать их.
Источником своих знаний Макиавелли называет опыт (esperienza), из которого он выводит "общие правила" (regola generale). Опыт управления государь должен черпать в истории. Макиавелли восхищается такими авантюристами, как Агафокл (гл.VIII), которые смогли достичь успеха (gloria), не обладая ни добродетелью, ни удачей. Напротив, Агафокл славился жестокостью (crudeltà) и бесчеловечностью (inumanità). Рассматривая этот и подобные ему исторические примеры, Макиавелли пользу (utili) ставит выше добродетели. Это следует из того, что народ больше ценит успешного правителя, чем добродетельного, поскольку именно успех правления способствует общему благу. В контексте великой цели он допускает справедливую войну (guerra è giusta). В XVII главе своего трактата Макиавелли отмечает низкую природу людей, замечая, что они в массе своей неблагодарны (ingrati), непостоянны (volubili), лживы (simulatori), боязливы (fuggitori).
8 ноября 1520 года Макиавелли получил заказ Флорентийского университета, возглавляемого кардиналом Джулио Медичи, на написание истории города. Законченная история, состоящия из 8 томов, была официально представлена заказчику, ставшему к тому времени папой Климентом VII, в мае 1526 года.
Первая книга «Истории Флоренции» охватывает период от Древнего Рима до XV века. Последующие три книги посвящены событиям до установления власти Медичи в 1434 году. Вторая часть труда, состоящая из четырёх книг, доведена до смерти Лоренцо Медичи в 1492 году.
Надежды Макиавелли на расцвет Флоренции и собственную карьеру оказались обманутыми. В 1527, после того как Рим был отдан испанцам на разграбление, во Флоренции было восстановлено республиканское правление, продолжавшееся три года. Макиавелли приехал во Флоренцию, надеясь получить какую-нибудь важную должность, но республиканцы оттолкнули его от себя с такой же холодностью как прежде Медичи. Дух Макиавелли был сломлен, здоровье подорвано, и жизнь мыслителя оборвалась 22 июня 1527 в Сан-Кашано, в нескольких километрах от Флоренции. Доподлинно местонахождение его могилы неизвестно; однако кенотаф в его честь находится в Церкви Санта-Кроче во Флоренции. На памятнике выбита надпись: Никакая эпитафия не выразит всего величия этого имени.
В 1546 году среди участников Тридентского собора был распространён материал, где было сказано, что макиавеллиевский «Государь» написан рукой Сатаны. Начиная с 1559 года все его сочинения были включены в первый «Индекс запрещённых книг».
Самой известной попыткой литературного опровержения Макиавелли был труд Фридриха Великого «Антимакиавелли», написанный в 1740 году. Фридрих писал: Я дерзаю ныне выступить на защиту человечества от чудовища, которое желает его уничтожить; вооружившись разумом и справедливостью, я осмеливаюсь бросить вызов софистике и преступлению; и я излагаю свои размышления о «Государе» Макиавелли — главу за главой, — чтобы после принятия отравы незамедлительно могло бы быть найдено и противоядие.
Сочинения Макиавелли свидетельствовали о начале новой эры развития политической философии Запада: размышления над проблемами политики, по убеждению Макиавелли, должны были перестать регулироваться нормами богословия или аксиомами нравственности. Это был конец философии блаженного Августина: все идеи и вся деятельность Макиавелли созидали во имя Града Человеческого, а не Града Божьего. Политика уже утвердила себя самостоятельным объектом исследования — искусством создания и усиления института государственной власти.
Однако некоторые современные историки полагают, что на самом деле Макиавелли исповедовал традиционные ценности, а в своём труде «Государь» не более, чем просто высмеивал деспотизм в сатирических тонах. Так, историк Гаррет Мэттингли в своей статье пишет: «Утверждение, что эта небольшая книжка была серьёзным научным трактатом о государственном управлении, противоречит всему, что мы знаем о жизни Макиавелли, его трудах и его эпохе».
При всем этом произведения Макиавелли стали одними из самых значимых событий и только в XVI—XVIII веках оказали влияние на работы Б. Спинозы, Ф. Бэкона, Д. Юма, М. Монтеня, Р. Декарта, Ш-Л. Монтескье, Вольтера, Д. Дидро, П. Гольбаха, Ж. Бодена, Г.-Б. Мабли, П. Бейля и многих других.