Понять что перед ними "двоичный код" инопланетянам очень просто, достаточно заметить что в нем встречается только два символа из алфавита. При этом конечно "символ" и "алфавит" может быть чем угодно, например частотой и всем спектром.
А вот понять какую информацию несет код уже не так просто. И тут уже нет особых мотивов утверждать, что разумная жизнь в общем случае как-то лучше поймет двоичный код чем, например, четверичный.
Двоичный может казаться предпочтительным т.к. 2 это минимальное натуральное число после 1, минимальное основание системы исчисления. Но это уже не существенные детали.
Интересен вопрос что именно мы должны передавать в двоичном коде (или каким-то другим способом) чтобы эта информация оказалась понятна абстрактному разуму. Ведь этот разум абсолютно лишен каких-либо минимальных культурных общностей с нами. Например, вы не можете даже нарисовать стрелочку чтобы показать взаимосвязь, стрелочка происходит от стрелы, которую мы-земляне запускали из лука в зверей и в друг друга.
Классические идеи что передавать состоят в том, что надо постепенно выстраивать язык, базируясь на универсальных аксиомах логики, натуральных числах. Т.е. тех немногих вещах, которые, как мы полагаем, являются универсальным свойством вселенной и обнаруживаются любой разумной жизнью. Есть даже попытки вывести так полноценный язык - wikipedia.org