Ярый сторонник нацизма, занимавшийся пропагандой с партбилетом в руках, и присоединившийся к национал-социалистам даже раньше, чем Адольф Гитлер, Вегенер сыграл не последнюю роль в формировании взглядов будущего лидера Германии.
Занимавший высокий пост в системе немецкой военной медицины, Фридрих Вегенер служил в медицинском учреждении неподалеку Лодзевского гетто в Польше, где и проводил свои эксперименты на евреях. Вегенера обвиняют в испытании новых лекарств, введении различных веществ в тела жертв, а также в проведении вскрытий живых людей с целью изучения еще функционирующих органов.
Вегенер сумел сохранить свое нацистское прошлое до самой смерти в 1990 году и даже получил премию Американского института пульмонологии за открытие нового заболевания. Однако не прошло и года после смерти Вегенера, как была обнародована информация о связях с нацистами и садистских экспериментах. Научное сообщество лишило его всех премий и званий, переименовало открытую болезнь и предало Вегенера полному забвению.