В наше время, с развитием технологий, разницы почти никакой.
А вот раньше, это были разные типы военной техники, и предназначены они были для разных целей.
БТР - для быстрой доставки пехоты к месту выполнения боевой задачи, а также вывозу раненых с поля боя в тыл.
БМП - это машины, которые нужны для непосредственной поддержки пехоты в боевых действиях и как правило имеющие более сильное вооружение.
Но с развитием технологий, грань между этими машинами стирается. Усиливается всё - вооружение, броня, мобильность. По своему функционалу они всё ближе приближаются к танкам, сохраняя возможность перевозить пехоту.