«Кубань-2» является фарм-клубом главной команды краснодарской «Кубани». Решение о создании команды было принято после вылета краснодарской команды из РФПЛ. До этого молодые воспитанники «Кубани» выступали в молодёжном первенстве.
В сезоне 2016-2017 краснодарцы долгое время были в середине таблицы но ближе к концовке в силу ряда объективных причин оказались в подвале турнирной таблицы.
Хотя по составу «Кубань-2» была хорошо укомплектована. Подтверждением этому служит тот факт, что сразу целая группа игроков стала активно привлекаться к тренировкам и играм главной команды, выступающей в ФНЛ. При этом обедни молодые футболисты в основе «Кубани» явно не портили и некоторые из них даже обратили на себя внимание клубов РФПЛ.
Тот же Игорь Коновалов ещё в прошлом сезоне выступавший за дубль «Кубани» уже стал игроком казанского «Рубина». Амур Калмыков, который не мог выступать за краснодарцев из-за проблем с дозаявкой, был отдан в аренду в нашу команду и за короткий срок стал одним из её