Юный царь случайно обнаружил его в мае 1688 г. в амбаре своего родственника боярина Никиты Ивановича Романова в селе Измайлове - вотчине Романовых. Пётр прогуливался там со своим наставником, голландским моряком Францем Тиммерманом, и позже сделал запись: «Я паки спросил: какое преимущество имеет пред нашими судами (понеже видел его образом и крепостью лучше наших)? Он мне сказал, что он ходит на парусах не только что по ветру, но и против ветру; которое слово меня в великое удивление привело и якобы неимоверно». После ремонта и оснастки ботика они совершили на нем первые плавания по реке Яузе и на Просяном пруду в Измайлове. Вскоре судно, названное «Святой Николай», перевезли на большое Переславское (Плещеево) озеро. Там царь не только учился на «Святом Николае» управляться с парусом и рулем, но построил под руководством Тиммермана и русского мастера Р. Карцева целый «потешный флот». По выражению Петра I, ботик стал «плодоносным семенем» для русского флота, так как именно с этих прогулок под парусом началось его серьезное увлечение корабельным делом и флотскими науками. Суденышко исправно выполняло функции личной яхты царя, потому его можно смело считать предшественником российских императорских яхт.
До 1722 г. ботик хранился в Москве, затем его торжественно доставили в Петербург. На параде в честь побед Балтийского флота в Северной войне летом 1723 г. «дедушка русского флота» под императорским штандартом прошел перед строем боевых кораблей. Командовал ботиком первый генерал-адмирал российского флота Ф. М. Апраксин, на руле стоял сам император, а на веслах сидели его ближайшие сподвижники. В том же году реликвию поставили «для вечного хранения» в Петропавловскую крепость (сейчас там точная копия судна).