Бытует широко распространенное мнение, что русские колонисты в Северной Америке жили в мире и в дружбе с местным населением, обычно только вскользь упоминается нападение индейцев-тлинкитов на Ситку в 1802 г. («После этого — мир». - Леонид Парфёнов.д/ф.Российская империя). Однако это заблуждение, между русскими колонистами и индейцами постоянно происходили кровавые конфликты, заканчивающие часто гибелью множества русских и поддерживающих их алеутов.
Тлинкиты питали особую ненависть к стрельцу Василию Кочесову, знаменитому охотнику, известному среди индейцев и русских, как непревзойденно меткий стрелок. Тлинкиты называли его Гидак (Gidak), что происходит, вероятно, от тлинкитского имени алеутов, чья кровь текла в жилах Кочесова - giyak-kwaan (мать охотника была родом с островов Лисьей гряды). Заполучив, наконец, ненавистного стрельца в свои руки, индейцы постарались сделать его смерть, как и смерть его товарища, как можно более мучительной. По словам К.Т.Хлебникова, «варвары не вдруг, но повременно отрезывали у них нос, уши и другие члены их тела, набивали ими рот, и злобно насмехались над терзаниями страдальцев. Кочесов ... не мог долго переносить боли и был счастлив прекращением жизни, но несчастный Еглевский более суток томился в ужаснейших мучениях».
В том же 1802 году Промысловая Ситхинская партия Ивана Урбанова (90 байдарок) была выслежена индейцами в проливе Фредерик и атакована в ночь с 19 на 20 июня. Затаившись в засадах, воины куана Кэйк-Кую ничем не выдавали своего присутствия и, как писал К.Т.Хлебников, «начальники партии не примечали ни неприятностей, ни повода к неудовольствиям ... Но сия тишина и молчание были предвестниками жестокой грозы». Индейцы атаковали партовщиков на ночлеге и «почти на повал истребили их пулями и кинжалами". В резне погибло 165 кадьякцев и это было не менее тяжелым ударом по русской колонизации, чем уничтожение Михайловской крепости.
Начальник партии, Иван Урбанов, был схвачен и связан. Однако, один из партовщиков-алеутов, также попавший в плен, сумел освободиться сам и помог спастись своему байдарщику. Урбанов «успел вырваться, убежать и скрыться в лесу». Когда тлинкиты «обогатясь добычею, разъехались с радостными криками по жильям», Урбанов, к которому в лесу присоединились еще семь уцелевших алеутов, следующей ночью осторожно выбрался на берег. «Оплакав горькую свою участь», партовщики отыскали две байдарки, пригодные к плаванию, наскоро починили их и пустились путь. Они направлялись на Ситку, не подозревая еще об участи, постигшей Михайловскую крепость. Плыли ночами, а днем скрывались в дремучих лесах. Но на месте селения их ожидало дымящееся пепелище. Не останавливаясь, они продолжили свой путь и, наконец, прибыли в Якутат 3 августа (21 июля). Через три дня после их приезда туда же добрались еще 15 уцелевших партовщиков. всего в том году погибло более двухсот русских поселенцев.
Уничтожение русского поселения в заливе Якутат: 20 августа 1805г. воины-эяки клана тлахаик-текуеди (тлухеди) во главе с Танухом и Лушваком и их союзники из числа тлинкитов клана куашккуан захватили русскую крепость в заливе Якутат, перебив практически всех ее жителей.
В 10 марта 1855 г. тлинкиты напали на часового у дровяного сарая и тяжело ранили его в голову. Воеводский потребовал от индейцев изгнать виновников нападения. В ответ вооружённые тлинкиты явились под стенами Ново-Архангельска. Чтобы сдержать их было дано два холостых выстрела. Но это лишь разъярило индейцев. Они немедленно ринулись на приступ, начали рубить палисад, атаковали порт и выслали отдельный отряд для нападения на город со стороны леса. Захватив «колошенскую церковь», индейцы превратили её в свой опорный пункт для обстрела Ново-Архангельска. Перестрелка продолжалась около двух часов. В ходе боя погибло 7 русских и 15 человек было ранено. Потери индейцев составили не менее 50 человек (среди них были также женщины и дети, попавшие под огонь русской артиллерии). Осознав невозможность захватить город, тлинкиты пошли на мирные переговоры и выдали заложников.
Впервые русские промышленники столкнулись с тлинкитами в 1792 году на острове Хинчинбрук, где между ними произошёл вооружённый конфликт с неопределённым результатом: глава партии промышленников и будущий правитель Аляски Александр Баранов едва не погиб, индейцы отступили, но русские не решились закрепиться на острове и также отплыли на остров Кадьяк. Тлинкитские воины были одеты в плетёные деревянные куяки, лосиные плащи и звероподобные шлемы (по-видимому, из черепов животных).
Рецидивы войны продолжались и после 1805 года.
Так, 4 (16) февраля 1851 индейский военный отряд с реки Коюкук напал на селение индейцев, живших у русской одиночки (фактории) Нулато на Юконе. Атаке подверглась и сама одиночка. Однако нападавшие были с уроном отбиты. Потери были и у русских: погиб начальник фактории Василий Дерябин и были смертельно ранены служащий компании (алеут) и английский лейтенант Бернард, прибывший в Нулато с британского военного шлюпа «Энтерпрайз» для поисков пропавших участников третьей полярной экспедиции Франклина. Той же зимой тлинкиты (ситкинские колоши) устроили несколько ссор и драк с русскими на рынке и в лесу близ Ново-Архангельска. В ответ на эти провокации главный правитель Н. Я. Розенберг объявил индейцам, что в случае продолжения беспорядков он распорядится вообще закрыть «колошенский рынок» и прервёт с ними всякую торговлю. Реакция индейцев на этот ультиматум носила беспрецедентный характер: утром следующего дня они предприняли попытку захватить Ново-Архангельск. Часть из них, вооружившись ружьями, засела в кустах у крепостной стены; другая, приставив заранее заготовленные лестницы к деревянной башне с пушками, так называемой «Колошенской батарее», едва не овладела ею. К счастью для русских, часовые были начеку и вовремя подняли тревогу. Подоспевший на помощь вооружённый отряд сбросил вниз трёх уже влезших на батарею индейцев, а остальных остановил.
В ноябре 1855 произошёл ещё один инцидент, когда несколько туземцев захватили Андреевскую одиночку в нижнем течении Юкона. В это время здесь находились её управляющий — харьковский мещанин Александр Щербаков и двое служивших в РАК работников-финнов. В результате внезапного нападения байдарщик Щербаков и один рабочий были убиты, а одиночка разграблена. Оставшемуся в живых служащему РАК Лаврентию Керянину удалось бежать и благополучно добраться до Михайловского редута. Немедленно была снаряжена карательная экспедиция, которая разыскала скрывавшихся в тундре туземцев, разоривших Андреевскую одиночку. Они засели в бараборе (эскимосской полуземлянке) и отказывались сдаваться. Русские вынуждены были открыть огонь. В результате перестрелки пятеро туземцев были убиты, а одному удалось бежать.
Спустя двести лет после сражения у крепости Шисги-Нуву, 2-3 октября 2004 г. была проведена и официальная церемония заключения мира между кланом киксади и Россией (перемирие 1805 г., заключённое между Катлианом и Барановым без соблюдения тонкостей «индейского протокола» тлинкитами не признавалось). В церемонии, согласно требованию клана киксади и благодаря сотрудничеству Службы Национальных Парков, Библиотеки Конгресса, российских историков и Культурного Центра Индейцев Юго-Востока Аляски, принимала участие проживающая в Москве И. О. Афросина — прямой потомок главного правителя колоний Баранова. Официальная церемония проводилась на поляне, рядом с тотемным столбом военного вождя киксади Катлиана, установленным в 1999 году. Под историей давней вражды была подведена последняя черта.