На самом деле слово "кофе" можно употреблять как в мужском роде, так и в среднем!
Но лучше сразу разобраться, как на самом деле правильно – «он» это или «оно». Изначально даже напиток назывался кофий или кофей, а это явно не средний род. С 2002 года стало возможным в разговорной речи говорить о знаменитом напитке — оно. Теперь, сложно говорить кому-то, кто сказал «мое кофе», что он неграмотный. Но только в разговорной речи. При написании статей, писем, составлении меню не стоит забывать о том, что слово по-прежнему остается существительным мужского рода, не имеющим склонений.