Киренск был основан как небольшое поселение в 1630 г. казаками из отряда Василия Бугра. Место оказалось очень удачным. Здесь были построены зимовья для жилья, часовня, склады и лабазы. Через десять лет начала действовать первая в регионе соляная варница, построенная Ерофеем Хабаровым, была распахана первая пашня, положившая начало земледельческому освоению Приленья
Застраиваемый вначале как крепость — со стенами и башнями — по примеру первых западносибирских поселений, которым приходилось обороняться от степных кочевников, острог никогда не видел сражений. Наоборот, выгодная торговля притягивала к новому поселению коренные племена, занимавшиеся охотой.
Первое время поселение называлось Никольский погост, и только в 1665 г. его переименовали в Усть-Киренск — по названию реки*.
Здесь организовали ярмарку и таможню. Начали развивать хлебопашество и огородничество, кузнечное дело и судостроение. В начале XVIII в. Киренск представлял уже достаточно обжитое поселение, где была Спасская церковь и съезжая изба, располагались гостиный двор, таможенный дом, амбары, лавки, около 40 жилых домов и часовня.
Стратегическое месторасположение Киренска, ставшего плацдармом русского продвижения на восток, было использовано при подготовке ряда важнейших экспедиций, осуществлявшихся Хабаровым, Дежневым, братьями Лаптевыми, Чириковым и Берингом, другими первопроходцами и исследователями новых северных и восточных территорий. В те годы именно Киренск был последним опорным пунктом на пути в Якутию, на Камчатку и Чукотку, в Северную Америку.
Расположенный на перекрестке двух рек, он улучшал также транспортную доступность близлежащей территории, позволял осваивать новые богатые пушниной районы.
Статус города и название — Киренск — поселение получило в 1775 г. Еще через восемь лет Киренск стал уездным городом, а в 1822 г. — окружным городом Иркутской губернии. В то время в нем насчитывалось 140 домов, 5 церквей и 10 торговых лавок.
Открытие золота в бассейне Витима и развитие во второй половине XIX в. пароходства в бассейне Лены дали новый импульс для роста Киренска. Здесь был организован крупный отстойный пункт, где на зимний ремонт останавливалось около десятка пароходов и столько же грузовых барж. В районе затона располагались кузница, паровой молот, механическая мастерская, лесопилка и литейка. Группа этих предприятий стала прообразом первого производственного объединения на Лене. Обслуживание водного транспорта превратилось в очень важную статью городского дохода.
В начале XX в. в городе насчитывалось около 300 жилых строений (в том числе несколько каменных), а численность населения превысила 2 тыс. чел. Действовали судоремонтное, небольшие портняжные и сапожные производства. Основными занятиями населения были обслуживание водного транспорта, хлебопашество и огородничество, сезонная работа на золотых приисках.
До революции в Киренске проживало также несколько судовладельцев и представителей торговых фирм, в том числе обладателей миллионных состояний. Они поставляли на Ленские золотые прииски сено, овощи и картофельную муку местного приготовления, занимались скупкой пушнины и отправкой ее в Иркутск. Участвовали в сезонных ярмарках (с середины мая по июль), оборот которых оценивался в 50-100 тыс. р. золотом.
В то время в городе было несколько церквей, мужской Свято-Троицкий монастырь и часовня. Из образовательных учреждений действовали уездное и городское училища, приходское училище для мальчиков, женская прогимназия, церковноприходская школа. Работала больница и фельдшерский пункт. Имелась хорошая гостиница. Торговля велась в нескольких магазинах и 30 лавках. Действовали пристань, отстойный пункт для флота, имелись большие склады, в том числе винные.
После революции, в середине 1920-х гг., был образован Киренский район, и город стал районным центром. В эти же годы в Киренске жил и работал будущий Председатель Совета Министров СССР Алексей Николаевич Косыгин (возглавлявший правительство СССР на протяжении 16 лет— дольше всех в истории царской, советской и постсоветской России). Он был направлен в Сибирь в 1924 г. после окончания Ленинградского кооперативного техникума, где до 1930 г. работал в системе потребительской кооперации. В 1927 г. он вступил в члены ВКП(б). Именно в Киренске Косыгин получил жизненный опыт, который затем помог ему стать блестящим премьер-министром могучей страны. Достаточно сказать, что благодаря «северному» опыту он смог инициировать строительство знаменитой Дороги жизни вдоль восточного берега Ладожского озера в период блокады Ленинграда. Косыгин также персонально отвечал за организацию водного транспорта на Ладожском озере, применяя опыт судоходства на Лене. Дух купечества и предпринимательства, который он впитал в Сибири, помог ему начать в 1965 г. в громадной коммунистической стране реформу по совершенствованию планирования и усилению экономического стимулирования промышленности. Суть ее состояла в децентрализации народнохозяйственного управления, повышении роли интегральных показателей экономической эффективности (прибыль, рентабельность) и увеличении самостоятельности предприятий. Восьмая пятилетка (1966-1969), в течение которой проводилась реформа Косыгина, стала самой успешной в советской истории и получила название «золотой».
В послевоенный период и вплоть до начала перестройки Киренск развивался очень динамично. Он сохранял свое транспортное значение и служил опорным пунктом при освоении северных территорий. Большое внимание уделялось развитию Киренской и Алексеевской ремонтно-эксплуатационных баз флота. Начиная с 1950-х гг. старый паровой флот постепенно заменили новыми, более эффективными дизельными судами повышенной грузоподъемности с более высокими технико-экономическими показателями. В городе строилось новое благоустроенное жилье.
В 1980 г. рассматривалась возможность прокладки железной дороги от Усть-Кута до Киренска и создания здесь крупного речного порта.
В кризисные 1990-е годы лучшая часть флота, кормившая город, ушла в «свободное плавание» в другие бассейны, в том числе за рубеж.
На гербе Киренска в верхней части щита изображен бабр (тигр), а в нижней части в золотом поле — протекающая и разделяющаяся на два устья река Киренга, по имени которой назван город. Герб был утвержден 26 октября 1790 г. В то время все подчиненные Иркутску города в верхней части своих гербов имели изображение бабра, как на гербе Иркутска В советское время было несколько попыток заменить исторический герб Киренска новым. Но ни одно из предложенных изображений обновленного герба города не прижилось.
Существует несколько версий происхождения названия города. По одной из них, Киренск назван в честь десятника Кириллова (Кири) из отряда Василия Бугра. По другой, река, а за ней и острог получили название от эвенкийского слова «кири» — грязный (галька и песок по берегам Киренги имеют черноватый налет гидроокиси марганца). Более красивая версия утверждает, что город получил название опять же от эвенкийского слова «киренха», переводимого как «орлиное гнездо».