Ижица — старинное название последней буквы древне-славянской азбуки.
Как же связана эта буква с угрозой наказания? Ведь прописать ижицу — значит "проучить, наказать", а также "сделать внушение кому-нибудь".
Возникло такое выражение в старой школярской среде, в бурсацком обиходе. А дело всё в том, что в древнесла-вянской азбуке были 3 очень коварные буквы: фита, ять и ижица — они стали символами трудности письма. Писались эти буквы в нескольких словах (или в нескольких десятках слов), которые надо было запомнить, заучить, зазубрить. "От фиты подвело животы", — говорили в старину ученики, овладевающие премудростями грамоты. Фитой назвали в ту пору школьного грамотея, заумника, неимоверными усилиями овладевшего сложными навыками. А о лодырях говорили так: "Фита да ижица — к ленивому плеть ближится". Прописать ижицу буквально значило "выпороть розгами за невыученное".
Любопытно, что и по своему внешнему изображению ижица напоминала перевёрнутый кнут или пучок розог. Отсюда, по всей вероятности, и возникло шутливо-ироническое прописать ижицу.
Со временем это выражение вышло за пределы школярского жаргона и приобрело более общее значение: "жестоко наказать кого-нибудь, проучить". Теперь оно обычно употребляется как выражение угрозы и является синонимом к фразеологизмам: показать, где раки зимуют; показать кузькину мать.