Сюжет: В начале игры загадочный G-Man ментально будит Гордона и довольно туманно намекает на вновь предстоящие «великие дела». Несколько секунд спустя Гордон оказывается в поезде, прибывающем в Сити 17, безоружный и без своего защитного энергокостюма, который служил ему верным помощником и неоднократно спасал жизнь в первой части игры. Вскоре обстановка начинает проясняться: Сити 17 находится под властью тоталитарного правительства, главой которого является Уоллес Брин, как выясняется позже, бывший администратор научно-исследовательского центра Чёрная Меза. Но Брин, в свою очередь, сам пешка в руках лидеров могущественного союза — Альянса. Портальные штормы, начавшиеся после смерти Нихиланта по всей Земле, привлекли внимание Совета Альянса, и вскоре их войска атаковали Землю, начав войну, прозванную «Семичасовой», так как после семи часов войны Брин заставил оставшиеся силы людей сложить оружие, чем и заслужил покровительство Совета и стал полномочным председателем правительства на Зе