Самолет авиакомпании Aseman, следовавший из Тегерана в юго-западной части города Yasuj, сошел недалеко от города Semirom в провинции Исфахан.
Красный полумесяц развернул на место поисково-спасательные группы. Авиакомпания отозвала заявление, в котором однозначно говорится, что все находившиеся на борту погибли.
Рейс EP3704 покинул Тегеран в 04: 30 GMT и потерпел крушение примерно через час.
Самолет, двухмоторный турбовинтовой, спустился на гору Дена, в 22 км (14 миль) от Ясуй, сообщает новостной канал Irinn.
На борту находились шестьдесят пассажиров, два охранника, два бортпроводника и пилот и второй пилот.
Авиакомпания изначально заявила, что все погибли, но позже сказала: "учитывая особые обстоятельства региона, у нас все еще нет доступа к месту крушения, и поэтому мы не можем точно и однозначно подтвердить гибель всех пассажиров этого самолета."
Плохая погода, включая туман и сильный снег, препятствовала спасательным работам. Аварийным бригадам пришлось выезжать на место крушения по суше, а не с помощью вертолета.
Родственники пассажиров собрались в мечети возле Тегеранского аэропорта Мехрабад, сообщает агентство Reuters.
Скорбящие родственники в аэропорту Мехрабад в Тегеране после авиакатастрофы Aseman, в которой десятки опасаются погибших
"Я не могу заставить себя поверить в это", - сказала одна женщина, муж которой был на борту.
Один человек рассказал новостной сайт Tabnak, что он пропустил рейс.
Показывая неиспользованный билет в качестве доказательства, он сказал: "Бог был очень добр ко мне, но мне так грустно от всего сердца для всех тех близких, которые погибли."
Президент Ирана Хасан Рухани выразил сочувствие всем причастным, заявив в своем заявлении, что инцидент принес "большое горе и скорбь".
В последние годы Иран пострадал от нескольких авиационных происшествий и имеет стареющий парк воздушных судов.
Страна изо всех сил пытается получить запасные части для поддержания своих самолетов перед лицом международных санкций, введенных для ограничения ее ядерной программы.
Эти санкции были в основном сняты в 2015 соглашение между Ираном и США наряду с несколькими другими державами.
Aseman, третья по величине авиакомпания Ирана, подписала контракт с Boeing в прошлом году, чтобы купить 30 из своих последних средних 737.
Потерпев крушение самолет, французско-итальянского производства ATR 72-500, было 25 лет, иранская организация гражданской авиации сказал.
Верховный лидер Ирана Аятолла Али Хаменеи также выразил "глубокое сочувствие" родственникам тех, кто находится на борту, заявив, что авария "опечалила сердца".