Палаты были построены в 17 веке, по заказу богатейшего псковского купца Сергея Ивановича Поганкина, по фамилии которого и были названы. Сергей Поганкин заведовал в Пскове денежным двором и таможней, был кабацким головою, вел обширную торговлю. Его палаты были построены с размахом, весь комплекс каменных построек возводился одновременно. Трехэтажное здание предназначалось для семьи хозяина, второе здание в два этажа для семьи его сына. В одноэтажном строении размещалась поварня.
В 1711 году Поганкины палаты отошли от владельцев к ведомству Главной провиантской канцелярии под склады продовольствия и фуража. В 1900 году палаты, по просьбе общественности, были переданы Псковскому археологическому обществу для организации в них краеведческого музея. Городской музей располагается в них и в настоящее время.
Поганкины палаты являются самым большим по размерам гражданским зданием 17 века в Пскове.
