Эта версия событий подана по всем законам жанра. Даже ее существование обусловливает конспирология. Якобы создатели фильма, братья Вачовски, написали свою версию сценария, но негодяи-продюсеры помешали им воплотить авторский замысел, заметно переписав сюжеты второго и третьего фильмов — «Матрицы: Перезагрузки» и «Матрицы: Революции» .
«Судя по обширному фрагменту сценария, который был отвергнут весь целиком на этапе согласования производства картины с продюсером Джоэлом Сильвером, мы лишились на редкость ошеломляющего финала, который уж точно смотрелся бы лучше того «хэппи-энда», который попал на экраны», — интригует интернет-автор, якобы обнаруживший текст оригинального сценария.
Из этого обширного текста выясняется, что уцелевшее движение борцов с Матрицей — такое же порождение суперкомпьютера, как и все остальное. Этим объясняется существование корабля «Зион», который «люди никогда не смогли бы построить из-за нехватки ресурсов». Об этом Нео узнает от дьявольски хохочущего Архитектора Матрицы в конце третьего фильма. Нео с помертвевшим лицом пытается осознать происшедшее, как вдруг звонит будильник. Нео просыпается. Последний кадр фильма: Нео в деловом костюме выходит из дома, и быстрым шагом направляется на работу, растворяясь в толпе. «Матрица поимела вас», — произносит финальную реплику агент Смит.