Родился Хотиненко в Алтайском крае в рабочей семье. Вместе с родителями переехал в Казахстан, где учился в школе. После школы работал художником –конструктором на тракторном заводе в Павлодаре, крупнейший казахстанский индустриальный центр.
Учился в Свердловском архитектурном институте, служил в армии.
Как рассказывает сам Хотиненко, судьбоносным для него была армейская побывка в Свердловске (Екатеринбург). В это время, там снимал свою картину «Неоконченная пьеса для механического пианино» Никита Михалков. Совершенно случайно, он пошел на творческую встречу, которую организовывал уже известный тогда режиссер с общественностью города. Как говорил потом Хотиненко, страшно подумать, что было бы, если бы не пошел. В результате Михалков с Хотиненко после встречи проговорили несколько часов.
Под влиянием этой беседы, после армии Хотиненко пошел работать художником-постановщиком на Свердловскую киностудию. Почти за пять лет работы на студии он участвовал в нескольких известных фильмах. Учился на Высших режиссерских курсах в классе Н. Михалкова. Принимал участие в качестве помощника режиссера в таких его фильмах: «Родня», «Пять вечеров», «Из жизни Обломова». После того опыта он сам начинает снимать свои фильмы.
Первая же картина («Один и без оружия», 1984 г.) была хорошо принята как публикой, так и критикой. И уже до конца 1980-х Хотиненко снял картину, поставившего его в ряд с лучшими отечественными режиссерами. Это фильм – «Зеркало для героя».
Параллельно с работай в кино он начал и преподавательскую деятельность. Сегодня о востребованности режиссера говорит количество сделанных им фильмов разного формата. Одна из составляющих его успеха в том, что темы картин, которые он делает, всегда отвечают тем социальным вопросам, которые витают в этот период в обществе. Песня «Враги сожгли родную хату» (сл. М.Исаковского, муз. М. Блантера) из к/ф «Зеркало для героя» (1987 г.)