В Москве судачили: «Государь не русской породы, и не царя Алексея Михайловича сын». Однозначным доказательством служило то, что царь благоволит к немцам – значит и сам из их числа. Спорили только о том, когда и кто подменил монарха.
За «непристойные речи» секли, пытали, отправляли на каторгу и в ссылку, но искоренить слухи не смогли. Согласно одной версии, мальчика подменили в младенчестве немцы. «Мамки» царевича зазевались, тут-то и оказался у них на руках вместо Пётра Алексеевича «немчонок». По другой - ребенка заменила сама царица Наталья Кирилловна, опасаясь, что муж разлюбит ее, если она родит девочку. Якобы царица положила в люльку ребенка из немецкой слободы, а дочь кому-то отдала. О подмене Пётр якобы узнал от матери, когда она умирала.
Злые языки даже находили «настоящего» отца Пётра I, которым якобы был сподвижник царя-реформатора Франц-Лефорт. Именно этим объясняли приближенность генерала к царю, его назначение адмиралом, а потом - главой Великого Посольства.
По другой версии, царя подменили во время путешествия в Европу. Случилось это в Риге, где настоящего Пётра толи замуровали в стену, толи «царь в немцах в бочку закладен и в море пущен», а вместо него в Россию приехал самозванец. Была версия, что царя в темнице замучила шведская королева Кристина, подменившая Пётра своим человеком.
Утверждается, что Пётр I, по воспоминаниям современников, разительно изменился после возвращения из Великого посольства. Как доказательство подмены приводятся портреты царя до и после возвращения из Европы. Утверждается, что на портрете Пётра до поездки в Европу у него было удлинённое лицо, вьющиеся волосы и большая бородавка под левым глазом. На портретах царя после возвращения из Европы у него было круглое лицо, прямые волосы и отсутствовала бородавка под левым глазом. Когда Пётр I вернулся из Великого посольства, ему было 26 лет, а на его портретах после возвращения ему на вид было около 40 лет. Считается, что царь до поездки был плотного телосложения и выше среднего роста, но всё же не двухметровым гигантом. Вернувшийся же царь был худощав, обладал очень узкими плечами, а его рост, что установлено совершенно точно, составлял 2 метра 4 сантиметра. Столь высокие люди были большой редкостью в то время.
Кроме того, есть версия, которую разделяют ряд российских историков, что Пётр I погиб в 1691 году во время военных учений из-за несчастного случая. Якобы его окружения очень испугалось потерять свое положение, поэтому пошли на подмену. Главой заговора был князь Федор Ромодановский. По его приказу нашли "замену", приехавшего в Россию голландского кораблестроителя Яана Муша, который был якобы очень похож на царя. Россией фактически князь Ромодановский, прикрываясь иноземным самозванцем. После его смерти, в 1717 году, новое окружение решило покончить с единственным наследником настоящего Петра - царевичем Алексеем, который бежал в Священную Римскую Империю. Его выманили оттуда в Россию, и вскоре он умер в тюрьме. Так, согласно этой версии, прервалась династия Романовых.
Старообрядцы придумали свою версию, по которой на престол немцы возвели Антихриста, а настоящий царь принял старообрядчество и скрывался в скитах. Не отставали бояре и даже иностранцы, которые открыто говорили: «Царь – наш!». В 1691 году «за многие неистовые слова» против царя князь Голицын был лишен боярства». Его родственники — братья Степан и Алексей Собакины — были лишены званий и отправлены в ссылку.