Знаете, почему слово "шифр" так похоже на слово "цифра"? А потому что это одно и то же. В раннем и непросвященном средневековье, когда арабские цифры еще не были в повсевместном использовании, цифры использовались для "тайного письма" - шифра. Закодированные сообщения с помощью непонятных богомерзких значков и назывались "зашифрованными". В принципе, правильно называть шифром только такие строки, где вместо букв используются арабские цифры. Это сейчас шифром кличут что ни попадя, даже ребусы, что уж там говорить :)
Когда арабские цифры начали проникать в Европу, формируя более удобную запись и счет, находились весьма агрессивные счетоводы, которые не желали использовать "дьявольские символы, которыми Сатана сбил арабов с пути истинного" и пытались как могли и где могли заменить новые цифры на римские. Понятно, что стабильность и проверенность римских цифр не устояла, несмотря на рьяную защиту. Одним из популяризаторов новых знаний и в частности исчисления был, внезапно, римский папа