Ставка налога на добавленную стоимость (НДС) на внутренних перелётах была снижена с 18% до 10% в январе 2015 года согласно антикризисной программе правительства, это было сделано довольно решительно, несмотря на очевидные выпадающие доходы и прямые потери бюджета, ведь НДС напрямую идёт в госказну.
Однако, сразу же после введения для авиаперевозчиков существенной льготы Минтранс вместе с Ассоциацией эксплуатантов воздушного транспорта (АЭВТ) призывал на этом не останавливаться и в дальнейшем вводить нулевую ставку НДС для увеличения ежегодных дополнительный доходов отрасли до 19 с половиной миллиардов рублей, поскольку авиаперевозки остаются убыточными. В прошлом году явные потери российских авиакомпанийиз-за нерентабельности резко увеличились в основном именно на внутренних перевозках до 33 миллиардов рублей, и это несмотря на господдержку в виде снижения НДС до 10%. По данным АЭВТ, в основном затраты авиакомпаний как обычно уходят на лизинг самолётов, его подорожание почти на 20% обошлось перевозчикам в 300 миллиардов рублей, существенно повысилась и стоимость техобслуживания в аэропортах – на 20 миллиардов, даже аэронавигационные услуги и те стали дороже на 2 миллиарда. Благодаря сниженному НДС, фискальное бремя на отрасль сократилось примерно на 40 миллиардов рублей, продление налоговой льготы ещё на три года позволит и дальше поддерживать авиакомпании, — считают в ассоциации. Вместе с тем, лоббисты отрасли продолжают настаивать – почему бы правительству не изыскать возможности для более радикальных мер — обнуления НДС для авиаперевозчиков, как это уже было сделано для перевозок пассажиров на железнодорожном транспорте на долгие 12 лет – до 2030 года.
Между тем, в Минтрансе говорят о развитии прямых авиаперевозок в регионы, маршруты которых минуют Москву; предполагается предоставлять льготы по обнулению ставки НДС отдельным региональным аэропортам, поскольку большинство всех внутренних рейсов проходят через столицу. В результате холдинг «Аэропорты регионов» несёт потери из-за недозагрузки авиалайнеров, что происходит прежде всего в Нижнем Новгороде, Екатеринбурге, Ростове-на-Дону и Самаре, но эту дополнительную нагрузку на бюджет должен одобрить Минфин. В перспективе окончательное решение правительства должно быть положительным, — утверждают в транспортном ведомстве, — сейчас концентрация авиаперевозок через столицу слишком большая, потому нужно развивать более удобное и выгодное прямое авиасообщение между субъектами федерации.