Ключевой особенностью YotaPhone 3, как и его предшественников, стало наличие двух дисплеев: основного цветного и дополнительного монохромного, выполненного по технологии электронных чернил. Основной 5,5-дюймовый дисплей выполнен по технологии Super AMOLED, тогда как дополнительный E-Ink-экран имеет диагональ 5,2 дюйма. Второй дисплей предназначен для чтения электронных книг или любой другой информации, позволяя существенно экономить заряд устройства. Кроме этого, чтение с E-Ink экрана менее утомительно и вредно для глаз. В Китае смартфон будет поставляться с популярными сервисами для чтения электронных книг, включая China Reading, iReader, Lebook и Migu.
За производительность YotaPhone 3 отвечает процессор Snapdragon 625 в паре с 4 ГБ оперативной памяти. Объём встроенного хранилища составляет 64 или 128 ГБ в зависимости от версии. Камер в смартфоне традиционно две: на 13 и 12 Мп. При этом специальный сенсор помогает смартфону определить, каким экраном аппарат повёрнут к пользователю, чтобы включить именно его при активации. Под основным дисплеем расположился сканер отпечатков пальцев.
Остальные характеристики YotaPhone 3 включают аккумулятор ёмкостью 3 300 мАч, поддержку двух SIM-карт и Android Nougat в качестве предустановленной операционной системы. Также на изображениях видно, что в смартфоне нет 3,5-мм аудиоразъёма для наушников.