Налоговая служба разрешила продавцам, выставившим покупателю счет-фактуру на бумаге, не распечатывать второй экземпляр документа, оставляемый у себя, а хранить его в электронном виде. Но при этом он обязательно должен быть подписан усиленной квалифицированной ЭП руководителя/главного бухгалтера/уполномоченных лиц.
Источник: Письмо ФНС от 06.09.2017 № СД-4-3/17731@
Примечательно, что в мае этого года Минфин запретил «разновидовые» счета-фактуры (http://glavkniga.ru//news/5811). Однако в своем свежем разъяснении ФНС указала на то, что ее позиция согласована с финансовым ведомством. Соответственно, никаких негативных последствий для продавца, выставляющего бумажный экземпляр покупателю и оставляющего себе электронный экземпляр, не будет.