"Бавария" приобрела Нойера у "Шальке" летом 2011 года за 27,5 миллионов евро. К тому времени Мануэль уже был звездой, прекрасно отыграл в сборной на ЧМ-2010. Однако трансфер дался нелегко – мюнхенские фаны стеной стояли за тогдашнего вратаря "Баварии" Томаса Крафта и категорически не хотели видеть в воротах команды Нойера. Весной 2011-го, когда уже вовсю шли слухи о грядущем приобретении самым матерым немецким клубом гельзенкирхенского голкипера, в ходе кубкового матча "Баварии" с "Шальке" тысячи мюнхенских болельщиков подняли плакаты с требованием: "Никакого Нойера!" Кто-то развернул даже транспарант: "Будешь играть за тех, кто над тобой насмехается и тебя презирает? У тебя нет никакой гордости, свинья из "Шальке"?" В течение всех 90 минут в Мануэля летели с трибун всякие предметы, а какой-то "снайпер" точно попал в него стаканом с пивом. После матча председатель правления "Баварии" Карл-Хайнц Румменигге за поведение фанов принес Нойеру публичные извинения. Затем, когда вратарь уж