Если компания выставляет счета-фактуры как на бумажном носителе, так и в электронном виде, то совершенно естественно, что в сшиве бумажных счетов-фактур будут не все выставленные документы, отраженные в Журнале учета счетов-фактур. Никакого нарушения в этом нет.
Источник: Письмо ФНС от 19.07.2017 № СД-4-3/14079 (http://www.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc&base=QUEST&n=170235&div=FIN&dst=100005%2C1&rnd=0.9072788334633757#0)
Ведь электронные счета-фактуры хранятся в электронном виде и распечатывать их не нужно.
Имейте в виду, что оба экземпляра счета-фактуры (и переданный покупателю, и собственный экземпляр продавца) должны храниться в одном и том же виде. Т.е. если продавец выставил покупателю счет-фактуру на бумажном носителе, хранить свой экземпляр в электронном виде продавец не вправе (http://glavkniga.ru//news/5811).
Кстати, обратите внимание, что с 01.10.2017 года выставлять счета-фактуры нужно будет по новой форме (http://glavkniga.ru//news/6054).