Академику С. А. Чаплыгину не довелось увидеть плоды своих трудов в Сибири, начатое им продолжили его ученики. В 1969 году в честь 100-летия со дня рождения С. А. Чаплыгина институту, выросшего из филиала №2 ЦАГИ, было присвоено его имя.
В 1943 году было построено первое здание — часть нынешнего корпуса № 1, где разместили аэродинамическую трубу Т-203, а в конце года провели в ней первые эксперименты.
В трудные годы войны работой филиала руководили Владимир Исаакович Поликовский (1941—1942), Дмитрий Юрьевич Панов (1942—1943), Савва Абрамович Каплан. (1943—1946) В этот период выполнялись следующие теоретические и экспериментальные исследования:
обтекание тел, близких к телам вращения, несжимаемой жидкостью работа сопл Лаваля; расчёт ламинарного пограничного слоя; различные вопросы работы воздушных винтов; расчёт характеристик виража самолётов Як-9 и ЛаГГ-3; аэродинамические исследования работы самолётной механизации; расчёт статической устойчивости самолёта на больших дозвуковых ско