В 1595 году после смерти царя Федора Ивановича не осталось наследников. Кроме Бориса Годунова реальными претендентами на трон могли стать и другие видные бояре: Романовы. Ведь и они приходились родственниками умершему царю. Глава семьи Фёдор Никитич Романов был двоюродным братом царя Фёдора Ивановича.
После проигранных выборов, бывшие друзья Бориса Годунова стали его главными и самыми опасными врагов. Хотя в первые месяцы своего правления Борис продвигал Романовых. Братья боярина Фёдора Никитича получились высокие назначения: в частности, Александр Никитич стал боярином, а Михаил Никитич сделал окольничим.
Романовы не оставили борьбу за власть после избрания Годунова. Новый царь не ронял достоинство власти и спешил применять к ним карательные меры. Однако, когда Романовым были предъявлены формальное обвинение и проведено следствие, подтвердившее намерение бояр навредить царю, Борис учинил довольно тяжёлую расправу над родом Романовых.
Но, кажется, кара Бориса запоздала, и в конечном счёте Романовы стали единственными, кто вышел победителями в годы Смуты.
Начало громкому «делу Романовых» в 1600 году положил донос «казначея» Бартенева, служившего у Александра Никитича Романова, того самого, которого Годунов сделал боярином. Бартенев сообщил, что его хозяин занимается «ведовством», держит у себя некие «коренья» и желает как-то навредить царю Борису. Был проведён обыск, в результате которого те самые злополучные коренья нашлись.
Обнаружение корешков – это серьёзнейшая улика для преследования. Обвинение в колдовстве в те времена было одним из самых тяжких. Так как дело Романовых было связано с неким «колдовством», то следствие над «Никитичами» и их родственниками велось патриархом Иовом. При этом боярская дума приняла в деле активное участие на стороне обвинения. Разбирательство было публичным и долгим, но «Никитичи» не смогли оправдаться, хотя и утверждали, что корешки им подбросили.
За время следствия царь Борис Годунов, убедился в справедливости обвинений в умысле на его жизнь, поэтому в итоге прямым гонениям подверглись все Романовы — братья Федор, Александр, Василий, Михаил, Иван Никитичи и их сестры княжна Евфимия Сицкая и княжна Марфа Черкасская со своими семьями. Старшего боярина Федора Никитича под именем Филарет постригли в монахи. Главу клана Романовых разлучили с женой Ксенией Шестовой и детьми, в том числе с Мишей, которого в 1613 году изберут новым царём.
Филарету повезло, хоть его и лишили возможности в дальнейшем претендовать на престол. Многие из Романовых погибли в ссылке. Прямых указов Бориса Годунова о казни погибших в ссылке братьев Александра, Василия и Михаила Никитичей не было. Годунова пытался прежде всего вывести из политической жизни старшего в роде.
И своей тактической цели царь Борис добился: до конца его царствования о Романовых и их родне никто и не вспоминал.