В случае, когда компания заключила с физлицом гражданско-правовой договор, работы по которому он будет выполнять за пределами РФ, обязанностей налогового агента по НДФЛ у такой компании не возникает.
Источник: Письмо Минфина от 05.07.2017 № 03-04-06/42976 (http://www.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc&base=QUEST&n=169396&div=FIN&dst=100001%2C0&rnd=0.08021274094786468#0)
По общему правилу, НДФЛ облагаются все доходы физлица-резидента РФ, полученные как от российских источников, так и от источников за пределами РФ. А доходы «физика»-нерезидента облагаются НДФЛ только в случае, если они получены от российских источников.
В целях НДФЛ вознаграждение, полученное за работу, которая выполнялась за границей, относится к доходам, полученным от источников за пределами РФ.
Следовательно, если физлицо, выполнявшее работы по ГПД за пределами РФ, является российским налоговым резидентом, с полученных им по договору сумм должен быть уплачен НДФЛ. Но обязанность по исчислению и уплате налога лежит не на компании, выплатившей вознаграждение, а на самом «физике».
Если же физлицо не имеет российского резидентского статуса, то его доходы вовсе не облагаются НДФЛ.