Если «физик» заключил с организацией не трудовой договор, а ГПД, то получить у этой компании имущественный вычет по НДФЛ он не сможет.
Источник: Письмо ФНС от 07.03.2017 № БС-4-11/4076@ (http://www.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc&base=QUEST&n=169308#0)
Напомним, что имущественный вычет по НДФЛ может быть предоставлен физлицу до окончания налогового периода его работодателем. Работодатель – это организация (или ИП), с которой гражданин состоит в трудовых отношениях на основании трудового договора.
Соответственно, если вместо трудового договора компания и физлицо заключили гражданско-правовой договор, то такая организация не считается работодателем в отношении этого физлица и не вправе предоставить ему имущественный вычет.
Новости для бухгалтера на сайте: http://glavkniga.ru/news