Нагорный Карабах, который армяне называют Арцах стал камнем предкновения в отношениях между двумя народами. Исторически провести какое-либо четкие этнические границы в Закавказье крайне сложно. Нарезая территории будущих закавказских союзных республик большевики руководствовались теми же принципами, что и в Средней Азии, то еще больше запутало ситуацию.
После окончания Второй мировой войны Ереван обратилась к Сталину с просьбой включить Карабах в состав Армянской ССР. М. Багиров согласился, но потребовал от Армении, Грузии и Дагестана передать районы, населенные преимущественно азербайджанцами. Далее этот вопрос не обсуждался. Тем не менее, на протяжении последующих десятилетий Ереван мягко выдавливал еразов в Азербайджан, а Баку финансировал Нагорный Карабах по остаточному принципу, превратив его в самый экономически отсталый район республики.
Ухудшение экономического положения в стране при Горбачеве создало все условия для обострения проблему Карабаха. И без того переполненная безработными область сжалась в пружину, готовую распрямиться в любой момент. Толчком к открытому противостоянию стали перебои с продовольствием, начавшиеся с конца 1987 г. Пятикратное повышение цен на хлеб в феврале 1988 г. детонировало в погромы азербайджанцев, которые захватили не только Карабах, но и проживавших в Армении еразов. В Нагорном Карабахе было убито 2 азербайджанца, 19 ранено. Ручеек первых беженцев устремился в Баку и город- спутник столицы Сумгаит.
250-тысячный Сумгаит традиционно выполнял роль своего рода отстойника при Баку, куда власти выселяли весь нежелательный в столице элемент. Прибытие карабахских беженцев мгновенно обострило обстановку, которая разрядилась в армянские погромы. 26 февраля 1988 г. в Сумгаите начался митинг, участники которого при полном бездействии милиции и войск МВД принялись истреблять армян. Войска вошли в город только 29 февраля, когда погромщики успели убить 32 человека и полностью разграбить армянские кварталы города. Только 1 марта в Сумгаит прибыла правительственная комиссия во главе с председателем совмина Азербайджана Г. Сеидовым. Однако ее деятельность свелась к сокрытию следов погромов. Власти лихорадочно приводили город в порядок, вывозили трупы убитых армян в морги соседних населенных пунктов, спешно уничтожая улики перед приездом следственной группы Прокуратуры СССР.
Когда спустя 2 месяца на пленуме ЦК компартии Азербайджана всю ответственность за происшедшее попытались переложить на плечи секретаря Сумгаитского горкома Д. Муслим-заде, он открыто обвинил свое начальство в организации погромов. Так или иначе, действия погромщиков были спланированы, подготовлены и четко организованы. В Сумгаите зимой 1988, в Фергане в 1989 г и Оше в 1990 г. Однако, Верховный Суд СССР квалифицировал погромы как убийства из хулиганских побуждений, а вопрос о роли милиции и руководства Азербайджана просто не поднимался. Виновными оказались несколько десятков стрелочников, задержанных по горячим следам войсками.