После смерти Надир шаха подвластный ему Азербайджан вслед за другими персидскими владениями рассыпался на несколько независимых ханств. Самым влиятельным среди них была Нахичевань, где власть оказалась в руках племени кангарли. Нахичеванские ханы вели свое родословие напрямую от четвертого праведного халифа Али. Обеспечивая спокойствие в азербайджанских землях цари приняли ханов Нахичеванских на службу. В короткий период независимости Азербайджана бывшие правители Нахичевани занимали генеральские посты в мусаватской армии, а затем и в РККА.
Нахичеванцы вместе с азербайджанцами, жившими на территории бывшего Ереванского ханства, образовали мощный племенной союз, который получил название еразы. На территории самой АзССР титульное население делилось на бакинский, карабахский, гянджийский, кубинский и талышский племенные союзы. До захвата Северного Азербайджана Российской империей эти союзы имели собственные ханства. За исключением нахичеванских и талышских ханов, местные династии пресеклись еще в XIX в., но племенная элита сохранила свою влияние. Поскольку талышы не являлись кызылбашами и, соответсвенно, азербайджанцами, единственными легитимными правителями страны стали нашичеванцы. Так было при империи, так оставалось и при коммунистах.
На протяжении всего существования Азербайджанской ССР важнейшие государственные посты в республике занимали выходцы из клана Алиевых, родственного ханам Нахичевани. В 30-40-х гг. Гасан Алиев был секретарем компартии Азербайджана. Он обладал достаточным влиянием, чтобы обеспечить безбедное существование всем родственникам, в том числе и своему племяннику Гейдару Алиеву, который сперва стал завотделом сельского хозяйства Совнаркома Нахичеванский АССР, а в 1944 г. был принят на службу в НКВД3. Спустя 4 года его женили на дочери 1-го секретаря Дагестанского обкома партии Зульфие Алиевой.
Восстановление власти центра в Закавказье прошло более мирно, чем в Туркестане. С одной стороны, выходцы из Грузии и Армении воли в состав высшего слоя коммунистической элиты. С другой – мусульманское население Азербайджана не имело возможности развернуть мощное движение сопротивления, аналогичное басмачеству, так как не имело серьезной поддержки из-за рубежа. Азербайджан граничил с дружественной СССР Турцией и Персией, правительство которой меньше всего было заинтересовано в создание независимого азербайджанского государства. Это автоматически поднимало вопрос о персидском Южном Азербайджане, где проживало более 2/3 всех этнических азербайджанцев.
Чтобы сохранить управляемость региона, как и в Туркестане Москва смирилась с существованием клановой структуры закавказского общества со всеми вытекающим из этого последствиями. Даже во времена правления Сталина центр всегда делал скидку на местные условия. В 1948 г. глава министерства госконтроля СССР Л. Мехлис попытался провести ревизию финансово-хозяйственной деятельности совмина АзССР. Как только ревизоры поднялись выше отдельных предприятий и заинтересовались доходами правительства республики, 1-й секретарь ЦК компартии Азербайджана М. Багиров пожаловался Сталину. Под давлением Берии и Маленкова ревизия не только была прекращена, но и само союзное министерство госконтроля лишилось права проверять работу министерств, главных управлений и комитетов при союзном и республиканских совминах.
Смерть Сталина повлияла на позиции нахичеванского союза, который отошел на второй план, уступив первенство бакинцам. В 1956 году, вслед за падением Берии, был снят со всех должностей и расстрелян Багиров. Тем не менее, баланс сил сохранялся, что можно проследить по карьере Алиева. В 1964 г. он стал зампредом КГБ Азербайджана, который возглавлял Цвигун. Когда он в 1967 г. он пошел на повышение в Москву, то передал свой пост Алиеву. Именно при помощи С. Цвигуна 2 года спустя Гейдар Алиев стал 1-м секретарем ЦК азербайджанской компартии.
Придя к власти, Алиев принялся чистить государственный аппарат от бакинцев, заменяя их выходцами из Нахичевани. Здесь впервые всплыла хлопковая тема, которая спустя 15 лет так успешно была применена Москвой в Узбекистане. Превращая хлопок в монокультуру, новый глава Азербайджана отправил в тюрьму 6 глав районов, заменив их своими людьми. Официально смена правящих племенных союзов подавалась как борьба с коррупцией и приписками. Управляя Азербайджаном в течение 14 лет, Гейдар Алиев смог не только укрепить позиции нахичеванцев, но и сохранить прекрасные отношения с Москвой. Когда объемы добычи нефти на Каспии стали сокращаться, он добился строительства нефтепровода Грозный-Баку, по которому на азербайджанские нефтеперерабатывающие заводы хлынуло «черное золото» из Сибири и Татарии.
Сразу после смерти Брежнева новый глава страны Андропов забрал своего бывшего подчиненного в Москву, сделав Алиева 1-м зампредом совмина СССР и членом Политбюро. В перспективе он должен сменить по посту главы союзного правительства Тихонова. Но при Горбачеве все изменилось. Стремясь укрепить свою власть, новый генсек сделал ставку на бакинские кланы. В 1987 г. во время обсуждения проблем строительства БАМа Алиев получил инфаркт. В больнице он узнал о своей отставке, а после выписки оказался под домашним арестом в своей московской квартире. Горбачев рассчитывал нейтрализовать влияние клана Алиевых в Азербайджане. Поводом для этого стало обострение армяно-азербайджанских отношений: 20 февраля 1988 г. совет народных депутатов Нагорно-Карабахской АО обратился в ВС СССР с просьбой передать область в состав Армении.