Вопрос строительства Рогунской ГЭС в высокогорном Таджикистане являлся в СССР одним из самых спорных. Проект вызывал серьёзные опасения у советских специалистов-гидрологов и сейсмологов.
Серьезной угрозой для безопасности станции является сейсмическая активность в регионе. В районе строительства не раз фиксировались землетрясения силой в 6-7 баллов по шкале Рихтера (максимальный балл — 9). Советские учёные не раз высказывали опасения, что в случае повторения сильных толчков, плотина может быть повреждена или разрушена. Это в свою очередь приведет к сходу огромного количества воды на густонаселённые районы в дельте реки Амударья.
В современных реалиях для стран низовья, в частности Узбекистана, проблема заключается в том, что строительство ГЭС нанесет ощутимый ущерб сельскому хозяйству. В 2012 году в научно-популярном журнале «Евразийская география и экономика» учёные из США Томас ДеСаттера и Джей Лейч опубликовали исследование о рисках строительства Рогунской ГЭС. По данным учёных, площадь сельскохозяйственных угодий в Хорезмской области может уменьшиться на 17,7%, а в республике Каракалпакстан — на 14,6%. В результате этого производство хлопка в республике Каракалпакстан может сократиться на 18%. Изменится ситуация с сельским хозяйством и в других регионах Узбекистана. Например, изменение объемов забора воды в Сурхандарьинской области приведет к потере 12 миллионов долларов доходов от сельского хозяйства области ежегодно.
Между тем власти Узбекистан неоднократно призывали к коллегиальному решению проблемы строительства Рогунской ГЭС, так как реализация проекта затрагивает интересы не только Таджикистана, но и сопредельных стран бассейна реки Амударья: Казахстана, Узбекистана и Туркменистана.
Таджикской стороне также предлагался международный формат решения рогунской проблемы с участием экспертного и научного сообществ всех заинтересованных сторон.