После изгнания из Грузии Гамсахурдии и прихода к власти в Грузии Шеварнадзе в Тбилиси безуспешно попытались вернуть под свой контроль Южную Осетию. Когда же это не удалось, Шеварднадзе переключил свое внимание на Абзахию. Начиная с 14 августа 1992 г. части Национальной гвардии Грузии и ополченцев довольно быстро заняли большую часть автономии, вытеснив войска абхазов в Россию.
Такое развитие событий не устраивало Москву, которая не желала усиления Шеварднадзе и стремилась сохранить контроль над Абхазией. Ельцин решил, что это важнее, чем нормализация отношений с Шеварнадзе. На помощь абхазскому правительству В. Ардзинбы прибыл батальон Ш. Басаева, который действовал от имени Конфедерации горских народов Кавказа, а также казаки и осетины. Замыкали этот список рижские омоновцы. В начале октября 1992 абхазские войска, вооруженные и обученные российской армией, двинулись на Гагры. Вскоре Басаев был назначен командующим вооруженными силами Конфедерации, которые вели боевые действия в Абхазии. Правда, подавляющее большинство подчиненных составляли не чеченцы, а родственные абхазам адыги. Всего в распоряжение Ш. Басаева через территорию России было переправлено около 7 тыс. бойцов.
Грузины проиграли «битву за Гагры». Находившийся в городе Шеварднадзе вынужден был срочно эвакуироваться по воздуху и едва не погиб. 20 октября грузины попытались высадить морской десант в Гудаутском районе, но эта попытка не увенчалась успехом. Положение грузинских войск серьезно осложнялось тем, что российская армия, официально декларируя нейтралитет, активно помогала абхазам и Басаеву.
В начале 1993 г. абхазы, развивая наступление на Гумистинском направлении, вышли к Сухуми, но дальше продвинуться не смогли. Боевые действия перемежались многочисленными соглашениями о прекращении огня, которые нарушались сразу же после подписания.
2 июля абхазские войска возобновили крупномасштабные боевые действия. Они быстро опрокинули грузин и к 15-му числу того же месяца создали реальную опасность для Сухуми. Последовал новый раунд переговоров, который как обычно закончился ничем. Подписанное в Сочи 27 июля очередное соглашение о прекращении огня было нарушено через два месяца, когда абхазы пошли на штурм Сухуми.
Шеварднадзе оказался окруженным в абхазской столице. Понимая безвыходность положения, он обратился за помощью к Москве. Занятый борьбой с собственным Верховным Советом Ельцин тем не менее решил оказать помощь президенту Грузии. Правда, на определенных условия – Шеварднадзе согласился на вхождение страны в СНГ. Возможно, сыграли роль и международные гарантии безопасности советского руководства, которые несомненно имели место при распаде СССР. Существует версия, что в вопросе спасения Шеварднадзе на Ельцина оказал мощное давление президент США Б. Клинтон. Так или иначе, в течение нескольких дней российская внешняя политика совершила разворот ровно на 180 градусов. Такие вещи случались и ранее, и как обычно, очень трудно понять подлинные причины подобных зигзагов.
28 сентября 1993 г. абхазы взяли Сухуми. В последний момент Шеварднадзе, находившийся под охраной российских десантников, был вывезен из пытающего города на самолете. Его отход с моря прикрывал десантный корабль «Зубр», операцией по спасению командовал командующий ЧФ адмирал Балтин.
Падение Сухуми было обусловлено восстанием сторонников Гамсахурдия в Мегрелии, из-за чего Шеварднадзе вынужден был снимать войска с абхазского фронта и отправлять их под Зугдиди. Бывший президент Грузии на российском вертолете был переброшен из Чечни в Западную Грузию, где верные ему отряды отрезали грузинскую армию от Тбилиси. Здесь вместе со звиадистами против Шеварднадзе сражались и горцы Басаева.
На западе страны звиадисты захватили город Поти, н а на восточном направлении при поддержке чеченцев двинулись к Цхалтубо, за которым открывался выход на Кутаиси и далее к столице. Измотанные в Абхазии отряды Иоселиани и Китовани не могли сдержать натиск оппозиции, но тут им на помощь прошли российские войска ВДВ. Одновременно 25 октября морская пехота ЧФ высадилась в Поти и выбила из города звиадистов. Вскоре при поддержке российской армии почти вся территория Западной Грузии была занята верными Шеварднадзе войсками. 5 января 1994 г. запертый в горном селении с одним из последних отрядов своих сторонников Звиад Гамсахурдия покончил с собой. По крайней мере именно так официально обьяснили причину его смерти.
Летом 1994 г. части российской армии, расквартированные в Абхазии и Зугдиди, получили статус миротворческих сил. Грузия присоединилась в СНГ и получила свою долю военного имущества Советской Армии. Фактически сохранялся status quo на начало войны. Всего этого можно было добиться и без кровопролитной войны.