12 января 1948 года Кузнецов вместе с группой адмиралов (Л. М. Галлером, В. А. Алафузовым и Г. А. Степановым) был предан Суду чести Министерства Вооружённых Сил СССР под председательством Маршала Советского Союза Говорова. Обвинение состояло в том, что в 1942—1944 годах они без разрешения Правительства СССР передали Великобритании и США секретные чертежи и описания высотной парашютной торпеды, дистанционной гранаты, нескольких корабельных артиллерийских систем, схемы управления стрельбой, а также большое количество секретных морских карт. Суд чести признал их виновными и постановил ходатайствовать перед Советом Министров СССР о предании виновных суду Военной коллегии Верховного суда СССР.
2 — 3 февраля 1948 года Военная коллегия Верховного суда СССР признала Кузнецова виновным в предъявленных ему обвинениях, но, учитывая его большие заслуги в прошлом, постановила не применять к нему уголовного наказания. Одновременно Военная коллегия постановила ходатайствовать перед Советом Министров о снижении Кузнецова в воинском звании до контр-адмирала. Остальные обвиняемые были осуждены на различные сроки заключения.
В декабре 1955 года Кузнецова признгали виновным во взрыве на линкоре «Новороссийск» (преступное легкомыслие, неквалифицированное и нерешительное командование) и сняли с должности, а 17 февраля 1956 года он понижен в звании до вице-адмирала и отправлен в отставку с формулировкой «без права работать во флоте».
Лишь 26 июля 1988 года Кузнецов был посмертно реабилитирован Михаилом Сергеевичем Горбачевым и восстановлен в звании Адмирала Флота Советского Союза.
***