После включение в состав Российского государства Казанского и Астраханских ханств главным для Москвы стала борьба с исламом. По приказу Ивана Грозного в Казани были выстроены 3 православные церкви, учрежден монастырь, а все исламские святыни разрушены. Строительство новых мечетей и проповедь учения Мухаммеда были запрещены.
Православные миссионеры при помощи местных властей начали переводить мусульман в христианство. Одновременно шло заселение новых земель русскими колонистами. В результате российскому правительству пришлось иметь дело с организованным сопротивлением населения, вылившимся с нескончаемую цепь бунтов, начиная с Разина и заканчивая Пугачевым. На протяжении столетия татары и башкиры пытались восстановить независимое ханство, но эти попытки закончились полным провалом.
Однако представлять историю татар во 2 пол. XVI – XVIII вв. непрерывной борьбой местного населения с русификацией было бы неверно. После знаменитых трех казанских чудотворцев Гурия, Варсонофия и Германа в течение столетия центральное правительство уделяло гораздо больше влияния западному направлению, тогда как на завоеванном Грозным Востоке христианство относительно мирно уживалось с исламом и традиционным шаманизмом. Только после Петра I власть вновь вернулась к исламскому вопросу.
В 1731 г. Анна Иоановна учредила Новокрещенскую контору, целью которой было обращение мусульман и язычников в православие. Правительство предоставляло новообращенным различные льготы, в том числе снижение налогов и освобождение от рекрутской повинности. Всего с 1741 по 1756 гг. было крещено около 430 тыс. так называемых инородцев, из которых татары, т.е. мусульмане, составили всего 8 тыс. человек. Упорство ислама вызвало жесткие репрессии со стороны Петербурга. Однако в 1756 г. новая императрица отозвала из Казанской епархии слишком усердствовавшего епископа Луку и немного ослабила политику в отношении мусульман. Но только с приходом к власти Екатерины II во взглядах центрального правительства произошел коренной перелом.
Еще в 1764 г. была упразднена Новокрещенская контора. Захват Крымского ханства и открывавшиеся перспективы покорения Турции заставили Екатерину II в корне изменить политику в отношении ислама. В 1788 г. в Уфе было создано Духовное собрание. Спустя шесть лет Мусульманское духовное управления было учреждено в Крыму. Теперь, по крайней мере на официальном уровне, правительство перестало пытаться русифицировать мусульманские народы. Петербург признал существование в России ислама.
После этого начался массовый переход крещеных татар в ислам. Ссылаясь на то, что в православие их обратили насильно, татарское население отказывалось посещать церковь и возвращались в мечеть. Правительство пыталось силой вернуть отказников в лоно православной церкви, но серьезно повлиять на них было невозможно. После либеральных реформ Александра II это процесс окончательно принял необратимый характер. По мере разрастания империи во 2 пол. XIX в. была регламентирована жизнь мусульманской общины на Кавказе и в Степном крае (Казахстане). В религиозную жизнь Туркестана правительство старалось по возможности не вмешиваться.