Вся Центральная Азия лежала у ног победителя, но это была только видимость. Уже в 1875 г. в Кокандском ханстве началось восстание. Про-русски настроенный хан Худояр бежал в Ташкент под защиту Кауфмана, а к власти в Коканде пришел бек Пулат. Кокандская армия обложила Ходжент, но очень скоро была вынуждена снять осаду. В это время из Ташкента вышли главные силы русских, которые встретились с Пулатом у Махрама на Сыр-Дарье.
Через несколько дней после победы у Махрама Кауфман без боя вступил в Коканд, а генерал Скобелев продолжил преследование остатков армии повстанцев, которые отошли на восток страны. Неся большие потери, кокандцы во главе с Палутом отошли в Андижан, где приняли свой последний бой. Город был взят штурмом, а все его защитники перебиты. Но Путал смог вырваться из гибнущего Андижана и спустя полгода поднял против России города Магрелан и Наманган.
В канун нового 1876 г. Скобелев разбил повстанцев при Балыкчанских завалах, а через несколько дней российские войска вторично штурмом взяли Андижан. Пулат был пленен и по приговору военно-полевого суда повешен. В результате Кокандское ханство было ликвидировано, преобразовано в Ферганскую область и включено в состав империи. К многочисленным наградам Кауфмана добавилась усыпанная брильянтами шпага с надписью «За поражение кокандцев».
Главные препятствия, лежавшие на пути к Индии, были устранены. В 1876 г. Скобелев, будучи Ферганским губернатором, писал фон Кауфману: «Поступательное движение России в Средней Азии было безусловно вынужденное, вызванное необходимостью установить какие-нибудь прочные государственные границы. Как неоднократно заявляли наши государственные люди, занятие Туркестана скорее бременем ложилось на Россию, чем приносило пользу. Не вхожу в разбирательство истины этих слов, а только считаю уместным напомнить теперь об этом. С объявлением войны Англии, Туркестан обязан отречься от себялюбивого взгляда и принести себя в жертву самым дорогим интересам России. Не может быть сравнения между тем, чем мы рискуем, решаясь демонстрировать против англичан в Индии, и теми новыми последствиями, которые будут достоянием в случае успеха. До сих пор Туркестан даже не колония; и по характеру своего завоевания, и по характеру своего занятия нами он не может быть назван ничем иным, как операционной базой; предмет же действий указан Проведением».
Исполнение этого проекта было отложено ввиду надвигавшейся Балканской войны. Но после разгрома Турции и последовавшего за ним поражения российской дипломатии на Берлинском конгрессе в Петербурге решили, что час настал. Проект Скобелева был принят и начал осуществляться. Были сформированы три отряда, которые должны были действовать по трем оперативным направлениям: на Герат, на Кабул и через Памир. Однако прежде следовало покорить туркменское племя текинцев, обосновавшееся в Ахал-Текинском и Мервском оазисах.
На протяжении 1878-1879 гг. командование Кавказского военного округа предприняло несколько попыток захватить Ахал-Текинский оазис, которые закончились безрезультатно. Дело сдвинулось с мертвой точки только в 1880 г., когда командующим Закаспийским округом был назначен Скобелев. В борьбе с туркменами генерал решил использовать новейшие достижения военной техники. В пустыню были доставлены аэростаты, пулеметы, холодильники, опреснители, через пески протянуты узкоколейные дороги Дековилля. Таким образом, главное препятствие российского протикновения в Азию, непереносимые природные условия, не позволявшие наладить нормальное снабжение войск, было устранено. Кроме того, Скобелев отрезал текинцев от их продовольственной базы, захватив Кизил-Арватский оазис.
В конце 1880 г. войска обложили Геок-Тепе. После неудачной попытки штурма под крепость был подведен подкоп и заложена мина. 12 январе 1881 г. страшный взрыв разворотил оборонительные укрепления текинцев, и спустя несколько часов все было кончено. Спустя несколько дней армия заняла Ашхабад, и почти вся Туркмения отошла к России. По результатам экспедиции генерал Скобелев довольно своеобразно оценил боевые качества туркмен: «Текинцы такие молодцы, что свести несколько сотен такой кавалерии под Вену — не последнее дело».
После штурма Геок-Тепе Скобелев намеревался совершить бросок на Герат, но был остановлен правительством. С одной стороны, сам по себе Туркестан не представлял особой ценности для Петербурга. Офицеры генштаба открыто писали: «Что нам Средняя Азия? – Бедная, ощипанная несколькими завоевателями, слабо населенная и большей частью бесплодная страна никогда не вознаградит затрат на нее сделанных. Но за ней есть одно важное преимущество: она составляет для нас прекрасный этап, станцию, где мы можем отдыхать и собираться с силами». Однако, если военные стремились как можно скорее прорваться в Индию, то дипломаты опасались последствия столкновения с Англией. Конечно, захват главного источника экономического процветания Британской империи нанес бы сильнейший удар по Лондону, но после этого британский флот в любой момент мог войти в Балтику, взять Кронштадт и открыть огонь по Петербургу.
Князь Горчаков, поздравляя фон Кауфмана с разрешением начать хивинский поход, убедительно просил генерала не ходить в Хиву через Кашгар. На удивленный вопрос Кауфмана канцлер ответил: «Я этими азиатскими мелочами не занимаюсь. Меня лишь заботит, чтобы не восстановить против себя Англию». Действительно, Горчаков был известен слабыми познаниями в географии и постоянно путал города и области Сибири и Средней Азии. Другой российский дипломат, граф Шувалов, в беседе с лордом Гренвилем обнаружил, что не знает, что Аму-Дарья и Окс – это одно и тоже.
Скобелев готовил бросок на Герат, имея поддержку в самом Афганистане. В это время там шла очередная англо-афганская война, и в 1880 г. российское правительство направила на север страны Абдуррахман-хана, долгое время жившего в русском Туркестане. Петербург надеялся, что претендент на кабульский престол, снабженный достаточным количеством денег, подготовит пришествие русских войск. Однако англичане смогли перекупить Абдуррахмана, обеспечив ему прочное положение в Кабуле в обмен на вывод войск. Новоиспеченный эмир Кабула из доброго друга России в мгновение ока превратился в верного союзника Англии. Теперь о беспрепятственном проходе русской армии через Герат на Индию не могло быть и речи.
Тем не менее, движение на юг продолжалось. Россия вплотную придвинулась к границам Афганистана. В 1884 г. жители Мервского оазиса под угрозой военной операции перешли в российское подданство. Но здесь возникла проблема, которая поставила жирную точку в российской экспансии на юг. Этой проблемой стал проанглийский Афганистан. Ворота к Индию превратились в непроходимое препятствие.
После падения Мерва настала очередь Иолотанского оазиса. Вскоре вся Туркмения должна была оказаться под властью России, но тут афганский эмир направил свои войска, чтобы упредить русских и занять берег Кушки и Пендинский оазис. Это вызвало немедленную реакцию российского командования. В марте 1885 г. генерал Комаров атаковал афганцев на Кушке и разбил их при Таш-Кепри. Последним усилием России в этом регионе стала экспедиция полковника Ионова на Памир, предпринятая в 1891 г. Теперь не было и речи о броске на Индию, все, что оставалось Петербургу – это выравнивать свою границу с Афганистаном.