Пользуясь военными неурядицами, в начале 1916 г. туркмены по главе с Джунаид-ханом подняли мятеж в Хиве против хана и узбекского населения края. В результате хан, желая сохранить трон, призвал на помощь российские войска. Однако напряженность в регионе не спадала. Достаточно было маленькой искры, чтобы в Туркестане заполыхало восстание, и такой искрой стал указ о трудовой мобилизации мусульманского населения Центральной Азии.
Большие потери, понесенные Россией к 1916 г. в войне заставили правительство пойти на крайние меры. В нарушение закона от 1886 г. Петербург был вынужден объявить трудовую мобилизацию мусульман Туркестана. Часть населения призывного возраста должно было отправиться на запад, где ему предстояло работать в тыловом обеспечении армии. С одной стороны, это была обычная практика. Все население прифронтовых областей так или иначе использовалось подобным образом. Не подлежащие призыву в армию мужчины рыли окопы или использовались интендантскими службами. В то же время, сами жители Туркестана не отказывались воевать, предлагая себя добровольцами в качестве кавалерии со своими лошадьми и оружием. Но методы, которыми правительство осуществляло призыв, вызвали бурю негодования. Кочевники протестовали против намерения заставить их заниматься земляными работами, что противоречило их менталитету. Кроме того, призывники боялись, что в рабочих батальонах русские заставят их есть свинину. Большую роль сыграла и пристрастность при проведении мобилизации. Старшины кланов, занимавшие должности в органах местного самоуправления, отбирали для отправки на работы только представителей враждебных общин.
Так или иначе, манифест, подписанный 25 июня 1916 г., стал спичной, зажженной на пороховом складе. Уже 4 июля восстали жители Ходжента, спустя 10 дней поднялся Джизак. Вскоре бунтовали все узбекское население края. Положение было настолько серьезным, что колониальная администрация раздала оружие немецкий и австро-венгерским военнопленным, которым бросили на усиление частей регулярной армии. Туркестанский генерал-губернатор смог силой оружие вернуть контроль над городами, но подавить восстание он был не в силах. Вслед за узбеками взбунтовались киргизы. Племенные вожди увели более 300 тыс. человек в Китай. Осенью восстание охватило Казахстан. Партизанские отряды внезапно нападали на российские гарнизоны и быстро скрывались в степи. Здесь открытая борьба продолжалась вплоть до февраля 1917 г. Из предназначенных к мобилизации 480 тыс. человек правительство смогло отправить на тыловые работы чуть более 120 тыс. Кроме того, колониальная администрация смогла сохранить свою власть только в городах и крупных населенных пунктах. Сельская же местность оставалась в руках повстанцев.