Не стану вас разубеждать, что этого делать не надо вовсе - раз вы здесь, значит, наверняка уже что-то пишете и хотите заручиться руководством по унификации процесса.
А потому я намерен дать вам пару советов, хотя сам тот еще писака.
1. Не пишите на бумаге. Рукопись - это давно уже не то, что написано именно пером, ручкой, карандашом или черт еще знает чем на листке пожелтевшей бумаги. Читать ваши каракули ни один издатель не станет, придется все переносить в электронный вид, а значит не надо делать двойную работу.
2. Составьте план. Да-да, вот так сразу, план всего произведения. Если вы что-то там начинаете и не знаете, чем все закончится - можете быть уверены, у вас оно ничем не закончится, бросите на полпути. План - это структура с описанием того, что в том или ином пункте содержится. Один из обязательных элементов плана (можете сделать приложением) - персонажи, встроенные в сюжетную линию.
И вот как раз план можете набросать хоть от руки, хоть в ворде, хоть майндмэп рисуйте. Его вы все равно издателю не покажете, это ваш рабочий инструмент.
Отмечу, что следовать плану нужно, но без фанатизма: герои по ходу написания могут менять имя, пол и даже политические убеждения. Вы автор, и вам решать.
До свидания.