Согласно законодательству РФ, налогоплательщиком, оплачивающим налог на доходы физических лиц, может быть только физлицо. Как правило, организации, от которых физлицо получает доход, являются налоговыми агентами. Агент должен удержать у налогоплательщика НДФЛ и перечислить налог в ИФНС. Он не может быть налогоплательщиком НДФЛ.
В пункте 9 статьи 226 НК РФ говорится о том, что организация не может уплачивать НДФЛ за собственный счет. Именно на эту статью Налогового кодекса ссылается Минфин России в своем письме № 03-04-05/63015 от 04.09.2018г.
Когда между работодателем и работником заключается договор, регулирующий трудовые отношения, то в нем не могут содержаться налоговые оговорки. То есть трудовой договор не может нести обязательства работодателя об уплате НДФЛ за работника из собственных средств.
Итак, вы, будучи налоговым агентом, не можете оплачивать НДФЛ за работников из средств вашей организации. Это строго запрещает Налоговый кодекс РФ. Кроме того, в трудовом договоре с работниками не должны быть прописаны условия, при которых вашей обязанностью будет уплата НДФЛ.