Причины заикания не ясны. Было предложено много теорий, но ни одна не получила широкого признания. Некоторые ученые считают, что заикание частично объясняется органическими нарушениями: например, заикающимся не свойственна выраженная в норме доминантность одного полушария головного мозга над другим.
Другая органическая теория утверждает, что у заикающихся иной тип слухового восприятия, в результате чего они слышат собственную речь чуть-чуть с запозданием (на доли секунды). Это предположение основано на том, что люди с нормальной речью часто начинают говорить с заиканием при задержке слухового восприятия собственной речи.
Есть теории, которые рассматривают заикание преимущественно как приобретенное поведение. Согласно одной из таких концепций, существующей в разных вариантах, заикание возникает как реакция напряжения или как неуверенность в речи, отражающая детскую убежденность в том, что говорить трудно. Таким образом, предполагается, что заикание происходит вследствие речевых неудач ребенка или чрезмерного давления на него со стороны окружающих; например, оно может порождаться тревожными или слишком требовательными взрослыми, которые пытаются поправлять нормальные сбои в речи ребенка, усматривая в них речевой дефект.
Психоаналитиками была разработана иная теория заикания как приобретенного поведения, усматривающая в нем симптом невротического конфликта или неудовлетворенных потребностей, например бессознательной попытки получить оральное эротическое удовлетворение или не допустить выражения запретных мыслей и чувств.