История конфликта между мусульманами-рохинджа и буддистами в Мьянме уходит корнями во Вторую мировую войну, когда в Юго-Восточную Азию вторглись японские войска. Война привела к полному распаду государственной администрации и последующему развитию беззакония и насилия. Японское вторжение спровоцировало межобщинный конфликт между мусульманами, получавших оружие от британцев и буддистами, поддерживаемых Японией.
В регионах, контролируемых Японией началась жестокая резня мусульман, из-за чего они были вынуждены бежать на север Аракана, к контролируемым Великобританией районам, где преобладало мусульманское население. Это стимулировало обратную этническую чистку в районах, контролируемых Великобританией, вследствие чего местные буддисты бежали в южную часть Аракана. Неудача британского контрнаступления с декабря 1942 по апрель 1943 года привела к ещё большим жертвам среди мусульманского населения, а также к росту межобщинного насилия. Эти события привели к межэтническим столкновениям в других частях Бирмы.
Японские войска также принимали участие в убийствах мусульман-рохинья и индийских мусульман. Они изгнали десятки тысяч рохинья в Бенгалию, тогда находившейся в составе Британской Индии. Японцы совершили бесчисленные акты изнасилования, убийства и пыток в отношении тысяч рохинья. В течение этого периода, около 22 тысяч рохинья пересекли границу в Бенгалии, чтобы спастись от насилия.
В репортажах британцев говорилось, что после резни «тогдашняя оккупированная нами территория была почти полностью мусульманской страной». Такая напряжённая ситуация сохранялась в регионе вплоть до полного отступления японцев из Бирмы.
В ходе конфликта, в общей сложности, было убито около 20 тысяч буддистов. Мусульман погибло гораздо больше. Хотя точное количество убитых мусульман до сих пор неизвестно, однако многие источники называют цифру в 40 тысяч погибших.