Эти инструменты полезно подержать в воде после первичной обработки щёткой, а затем вновь зачистить. Пока рабочая часть напильника выдерживается в воде, облепившие её опилки разбухают, так что затем легко отстают. После чистки напильник тщательно просушивается.
При обработке свежей древесины хвойных пород случается, что напильники заливаются смолой. В таком случае очистить инструменты получиться путём кипячения в щелочной воде. Щелочную воду получают путём разбавления в ней щелока или едкого натра. Щелок берётся в соотношении 1:10, а едкий натр - в соотношении 1:20.
Иногда помогает и обыкновенное мыло, которое легко удаляет жиры с самых разных поверхностей. Перед тем как покрыть инструмент мыльной пленкой, его немного смачивают водой.
Металлические детали не рекомендуется долго выдерживать в воде, поскольку это чревато их проржавлением. Если какой-то загрязнители можно легко снять без применения мыла или подобных чистящих средств, то идеальным выбором жидкости для зачистки будет обычный спирт. Ржавчина удаляется зачастую механической обработкой, то есть просто зачисткой моточными щетками.
Проржавевшие напильники можно на 4-7 минут погружаться в водный раствор серной кислоты. Эта процедура не только очистит металл, но и повысит режущие свойства напильников. Для нейтрализации кислоты инструментарий впоследствии погружается в раствор соды.