В 1997 году Аркадий Волож сделал первый шаг по созданию компании Яндекс — на 10 тыс. долларов были закуплены 3 сервера с жёсткими дисками ёмкостью в 1 Гб, на которых было проиндексировано всё содержимое Рунета. Итогом этих инвестиций стало попадание Яндекса в семёрку наиболее популярных сайтов русскоязычного сегмента Интернета в 1999 году
23 сентября 1997 года была запущена поисковая машина Яндекса. Премьера состоялась на выставка Softool в Москве, а для демонстрации компании пришлось проиндексировать весь русскоязычный сегмент интернета. Тогда он состоял примерно из 5 тысяч сайтов, на которых было размещено около 4 гигабайт текста. Посетители выставки могли лично поискать что-нибудь на демонстрационном компьютере и получить результат. Стоит отметить, что уже тогда Яндекс учитывал морфологию русского языка и умел ранжировать документы.
«Яндекс» запустили два человека: Илья Сегалович и Аркадий Волож.
Само слово Яндекс придумали Илья Сегалович и Аркадий Волож, путем перебора слов, которые отражали бы его суть. Слово Yandex – сокращённое от «yet another indexer» («ещё один индексатор»), в котором первые буквы заменили на русскую «Я», сохранило оригинальное звучание. А первый дизайн поисковика был создан студией Артемия Лебедева, которая занимается дизайном проектов Яндекса по сей день.
Илья Сегалович занимал в «Яндексе» должность директора по технологиям и разработке. Он умер от менингита в 2013 году. Аркадий Волож — генеральный директор и крупнейший акционер «Яндекса», ему принадлежит 10,78% акций и 47,21% голосов в Совете директоров.
В 2001 году Волож пытался продатькомпанию дважды, вначале в Google, потом в Yahoo! За 15 000$. После неудачных переговоров Аркадий Волож сделал ставку на самостоятельное продвижение и решил развивать созданное ООО «Яндекс», из-за чего ушел из поста директора на то время успешной Comp Tek, которую сам же и основал. Сегодня, капитализация компании составляет 727.5 млрд руб.
2001 год стал переломным, потому что в этом году Яндекс стал лидером рунета по посещаемости. Помимо этого выросло и количество информации, хранящейся на серверах компании. Ее размер составил 1 терабайт. Кстати, Яндекс.Картинки появились тоже в этом году. Кроме этого, появилась электронная платежная система Яндекс.Деньги.
В 2009 году «Яндекс» продал «Сбербанку» за 1 евро «золотую акцию», которая даёт право накладывать вето на продажу более 25% акций компании. Эта акция не даёт права участвовать в Совете директоров и принятии оперативных решений, она нужна лишь для гарантий государству, что «Яндекс» не перейдёт к инвесторам, которые с его помощью могут навредить интересам страны.
В 2012 году "Яндекс" выпустил браузер собственной разработки.
7 февраля 2013 года российская поисковая система "Яндекс" вышла на четвертое место в мире по числу обрабатываемых запросов, обогнав поисковый сервис компании Microsoft и уступая только поисковикам Google, Baidu и Yahoo.
«Яндекс» известен прежде всего как поисковик, однако компания развивает десятки сервисов: почта, карты, облачное хранилище, контекстная реклама, платёжная система, музыкальный сервис, агрегатор новостей, агрегатор товаров, браузер, такси и др.