Собрание книг и древних манускриптов досталась Ивану Грозному в наследство от бабки Софьи Палеолог.
На протяжении многих веков ее собирали византийские императоры. Последний, кто владел ею - Константин 10. После завоевания Константинополя турками книги вывезли в Рим, а потом в Москву. В Москве библиотека оказалась, так как входила в сосав приданного царевна Софьи Палеолог-дочери имппреатора Константина, молодой жены Ивана 3.
Прибыв в Московию в 1472 году и увидев последствия предыдущего пожра (а они не были редкостью в деревянной Москве), Софья поняла, что книги надо как-то охранить от огня. Она распоряжается хранить их в подвале в Кремле.
Некоторые утверждают, что Василий Третий привелекал к работе с библиотекой известного Максима Грека и что даже опись книг присутствует в "Сказании о Максиме Греке", но, увы, историки считают эту информацию подделкой.
После Василия Третьего библиотека перешла по наследству Ивану Васильевичу Грозному, с которым часто связвают и ее исчезновение и обычно датируют 1571 годом, когда царь удалился от мира в Александовскую слободу.
Хочется верить в то, что Иван Васильевич сокрыл свою бибилиотеку в подземельях Кремля и когда-нибудь ее обнаружат. Но историки настроены более пессимистично: скорее всего она погибла в смутные времена 17 века, когда столица была сожжена в очередной раз, а Кремль разграблен польскими интервентами.