Если до 1939 года отношения между Гиммлером и Гейдрихом были дружескими, то с началом войны глава РСХА стал предпринимать попытки выйти из под влияния своего рейхсфюрера, наладив контакты напрямую с Гитлером. Обуреваемый жаждой власти, Рейнрард Гейдрих смог настолько понравиться фюреру, что тот назначил его заместителем главы Протектората Богемии и Моравии, т.е. того, что осталось от Чехии. На деле фюрер передал своему новому фавориту всю власть над Протекторатом, сослав его прежнего «хозяина» фон Нойрата в длительный отпуск как не справившегося с поставленной задачей.
Сразу по прибытии в Прагу, Гейдрих приказал казнить 200 и посадить в тюрьму тысячу заложников. В Протекторате было введено чрезвычайное положение. Заработали военно-полевые суды, которые за два месяца вынесли 400 смертных приговоров, 4 тысячи участников Сопротивления были отправлены в концлагерь.
Адольф Гитлер был доволен действиями вице-протектора, но быстрый взлет Гейдриха вызвал нескрываемое раздражение Гиммлера и Бормана. Глава партийной канцелярии Мартин Борман сам посоветовал фюреру назначить Гейдриха в Чехию, надеясь, что таким образом он сможет избавиться от стремительно набирающего очки соперника.
Однако, находясь в Праге шеф РСХА еще больше укрепил свой авторитет в глазах фюрера. Вальтер Шелленберг писал: «Он начал совещаться с Гейдрихом наедине, и, хотя Гейдрих был весьма польщен оказываемыми ему знаками внимания, его беспокоили зависть и враждебность со стороны Бормана и Гиммлера. Он боялся, что Борман в ответ прибегнет к интригам. О низости и кровожадности Гиммлера и вовсе говорить не приходилось. Положение Гейдриха становилось все труднее. Достигнутые успехи пока еще в достаточной степени гарантировали ему защиту Гитлера, но положение его ни в коей мере нельзя было назвать прочным. Он не знал, как вырваться за рамки, навязанные ему соперничеством Бормана и Гиммлера. Открыто выступить против них было опасно, так как Гитлер еще больше Гиммлера заботился о корпоративности и лояльности внутри СС. Гейдрих чувствовал, что почти наверняка запоздал, что это лишь вопрос времени и, может быть, достаточно скоро Гитлер поддастся давлению Бормана и Гиммлера и выступит против него».
Поэтому, Рейнгард Гейдрих не стал ждать, пока мастер придворных интриг Борман заботливо выроет для него глубокую яму, и весной 42-го года нанес удар первым. Рейхсляйтер славился своей слабостью к прекрасному полу, поэтому гестапо не составило особого труда подсунуть в его постель своего агента – некую Анхель Гроннер, на деле оказавшейся чешкой Анжеликой Гронковой. По законам Третьего рейха немцы не имели права заниматься сексом с представителями «низших рас». Налицо было расовое преступление, которое грозило положить конец блестящей карьере Мартина Бормана. Даже его старый мюнхенский друг шеф гестапо Мюллер оказался бессилен: сеть была расставлена лично Гейдрихом, и глава канцелярии НСДАП крепко запутался в ее ячейках. От неминуемого краха Бормана спасла только гибель шефа РСХА.