Генерал Конев начал войны в должности командующего 19-й армей, которая сперва сражалось под Витебском, а затем попала в окружение под Смоленском. Конем вместе со штабом вышел из окружения, собрал вокруг себя имевшиеся силы в армию второго формирования и попытался перейти в контрнаступление в районе Духовщины с конечной целью овладеть Смоленском, но из этого ничего не вышло. Однажды генералу пришлось вспомнить свои навыки артиллериста и лично вести огонь из орудия про прорвавшимся немецким танкам прямо на глазах у командующего Западным фронтом Еременко. В итоге, хорошо проявившему себя Коневу Сталин присвоил звание генерал-полковника и назначил командующим Западным фронтом.
Генерал Конев принял командование фронтом перед самым началом крупнейшей наступательной операции вермахта, для которого с Украины были переброшены дополнительные резервы. Кроме того, немецкая разведка смогла советское командование в заблуждение относительно направлений главных ударов.
24 сентября Гитлер и Браухич провели последнее совещание всех командующих танковыми и полевыми армиями, а через два дня фюрер издал приказ о наступлении. Германское командование считало, что операция «Тайфун» закончиться не позднее середины ноября. 30 сентября Вейхс и Гудериан нанесли удар по позициям Брянского фронта (генерал-полковник Еременко) и начал продвигаться в сторону Орла. 2 октября в наступление на Резервный (маршал Буденный) и Западный (генерал-полковник Конев) фронты перешли армии Клюге и Штрауса. В течении двух недель войска фельдмаршала фон Бока окружили и почти полностью уничтожили в двух огромных котлах 3-ю, 13-ю, 16-ю, 19-ю, 20-ю, 24-ю, 32-ю армии. Из 1 миллиона 200 тысяч военнослужащих трех фронтов в плен попали 650 тысяч. Были потеряны все имевшиеся у фронтов танки и большая часть артиллерии.
Вермахт вышел на Можайскую линию обороны Москвы и пусть на столицу был открыт. Иван Конев был снят с должности командующего и от суда и расстрела его спасло только заступничество Жукова. Позднее маршал вспоминал, что Сталин был в страшном гневе, он в самых сильных выражениях яростно ругал командовавших Западным и Брянским фронтами Конева и Еременко и ни словом не упомянул при этом Буденного, командовавшего Резервным фронтом. Видимо, считал, что с этого человека уже невозможно спросить. Он сказал Жукову, что назначает его командующим Западным фронтом, что Конев с этой должности снят и после того, как посланная к нему в штаб фронта правительственная комиссия сделает свои выводы, будет предан суду военного трибунала.
На это Жуков ответит, что такими действиями ничего не исправишь и никого не оживишь. И что это только произведет тяжелое впечатление в армии. Напомнил ему, что вот расстреляли в начале войны командующего Западным фронтом Павлова, а что это дало? Ничего не дало. Было заранее хорошо известно, что из себя представляет Павлов, что у него потолок командира дивизии. Все это знали. Тем не менее он командовал фронтом и не справился с тем, с чем не мог справиться. А Конев — это не Павлов, это человек умный. Он ещё пригодится. Тогда Сталин спросил:
— А вы что предлагаете делать?
Жуков сказал, что предлагаю оставить Конева моим заместителем. Сталин спросил подозрительно:
— Почему защищаете Конева? Что он, ваш дружок?
Жуков:
- Нет, мы с Коневым никогда не были друзьями, я знаю его только как сослуживца по Белорусскому округу.
Сталин дал согласие.
Далее Жуков писал: "Думаю, что это решение, принятое Сталиным до выводов комиссии, сыграло большую роль в судьбе Конева, потому что комиссия, которая выехала к нему на фронт во главе с Молотовым, наверняка предложила бы другое решение. Я, хорошо зная Молотова, не сомневался в этом".