В 1991 Набиуллина становится главным специалистом в комитете научно-промышленного союза СССР. Спустя год Эльвира получила приглашение на работу в дирекцию Российского союза промышленников в качестве консультанта, а затем перевелась в Министерство экономики РФ на пост руководителя управления государственного регулирования экономики. В 1997 году становится замминистра.
В 1998 году Эльвира покидает политическую область и занимается предпринимательской деятельностью, но через год благодаря поддержке Германа Грефа вернулась в политику и стала его первым заместителем. Греф на то время занимал пост руководителя Центра стратегических разработок.
В 2003 году Набиуллина становится президентом центра и проявляет себя, как профессионал в области макроэкономике, а в 2005 году становится главой экспертного Совета по реализации нацпроектов. В 2007 году заняла пост министра экономики РФ.
Эльвира активно участвовала в создании государственной корпорации «Ростехнологии». Она разработала антикризисный план «Выживание», который был одобрен и подписан Владимиром Путиным.
В 2012 Набиуллина становится помощником президента в экономических вопросах, а в 2013 назначена на должность зампредседателя Национального финансового совета.
В 2016 году начались проблемы с курсом рубля. В связи с этим Эльвира Набиуллина выступила с докладом, в котором назвала три варианта решения проблемы. Самый эффективный - это диверсификация экономики.
Экономист отметила, что стабилизация рубля успешно началась, но возникли новые трудности. После выступления оптимистического прогноза Набиуллиной в сети появилось много юмористических комментариев. Самым популярным стал ролик, в котором девушка пробует крутить обруч, но он падает, так и не закрутившись на талии, с подписью «Набиуллина стабилизирует курс рубля».