В 1981 году Анатолий Лебедь был призван на срочную службу в ряды советской армии и попал в ВДВ. Вскоре он принял решение связать свою жизнь с армией - к этому его подтолкнули рассказы деда, участника Великой Отечественной войны.
После срочной службы Лебедь отправился на обучение в Ломоносовское военное авиационно-техническое училище, а уже в 1987 году был направлен в Афганистан, где шла война.
Занимая должность бортового техника, Лебедь, по Уставу, не имел права покидать свой вертолёт Ми-8, на котором занимался эвакуацией раненых и доставкой групп спецназа ГРУ к месту операций. Однако, как рассказывали его сослуживцы, этим правилом Лебедь часто пренебрегал, вступая в огневой контакт с противником. Самая известная история тех дней - когда Лебедь с сослуживцем отступали под натиском врага и отбивались при помощи наступательных гранат, разлёт осколков у которых 5-10 метров. Когда же гранаты закончились, бойцы перешли на оборонительные, осколки которых разлетаются на 200 метров, и до сих пор никто не может объяснить, как гранаты не зацепили отступающих.
После Афганистана Анатолий Лебедь принимал участие в боях за Югославию, а в Россию вернулся как раз к началу Второй Чеченской кампании, куда пошёл сначала добровольцем, а затем, подписав контракт с Министерством обороны, вступил на службу в должности замкомандира разведгруппы.
В 2003 году Анатолий Лебедь получил тяжелейшее ранение - в результате подрыва на мине он потерял часть стопы, но остался на службе, в итоге став единственным, кто нёс службу наравне со всеми, имея вторую группу инвалидности.
Самый результативный бой Анатолия Лебедя произошёл в 2005 году, во время прочёсывания Веденского района. Тогда, в ходе боестолкновения, Лебедь с двумя сослуживцами уничтожил около восьмидесяти боевиков, за что из рук лично Владимира Путина получил звезду Героя Российской Федерации.